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【2h】

An enhanced algorithm for multiple sequence alignment of protein sequences using genetic algorithm

机译：使用遗传算法的蛋白质序列多序列比对的增强算法

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摘要

One of the most fundamental operations in biological sequence analysis is multiple sequence alignment (MSA). The basic of multiple sequence alignment problems is to determine the most biologically plausible alignments of protein or DNA sequences. In this paper, an alignment method using genetic algorithm for multiple sequence alignment has been proposed. Two different genetic operators mainly crossover and mutation were defined and implemented with the proposed method in order to know the population evolution and quality of the sequence aligned. The proposed method is assessed with protein benchmark dataset, e.g., BALIBASE, by comparing the obtained results to those obtained with other alignment algorithms, e.g., SAGA, RBT-GA, PRRP, HMMT, SB-PIMA, CLUSTALX, CLUSTAL W, DIALIGN and PILEUP8 etc. Experiments on a wide range of data have shown that the proposed algorithm is much better (it terms of score) than previously proposed algorithms in its ability to achieve high alignment quality.
机译：生物序列分析中最基本的操作之一是多序列比对（MSA）。多重序列比对问题的基本原理是确定蛋白质或DNA序列在生物学上最合理的比对。本文提出了一种利用遗传算法进行多序列比对的比对方法。为了了解种群进化和序列比对的质量，定义并实施了两种不同的遗传算子，主要是交叉和突变。通过将蛋白质基准数据集（例如BALIBASE）与其他比对算法（例如SAGA，RBT-GA，PRRP，HMMT，SB-PIMA，CLUSTALX，CLUSTAL W，DIALIGN和PILEUP8等在大量数据上的实验表明，该算法在实现高对齐质量方面的能力比以前提出的算法好得多（在得分方面）。

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