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Phylogenetic Analysis and Comparative Genomics of Purine Riboswitch Distribution in Prokaryotes

机译：系统工程学分析和原核生物中嘌呤核糖开关分布的比较基因组学。

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Riboswitches are regulatory RNA that control gene expression by undergoing conformational changes on ligand binding. Using phylogenetic analysis and comparative genomics we have been able to identify the class of genes/operons regulated by the purine riboswitch and obtain a high-resolution map of purine riboswitch distribution across all bacterial groups. In the process, we are able to explain the absence of purine riboswitches upstream to specific genes in certain genomes. We also identify the point of origin of various purine riboswitches and argue that not all purine riboswitches are of primordial origin, and that some purine riboswitches must have originated after the divergence of certain Firmicute orders in the course of evolution. Our study also reveals the role of horizontal transfer events in accounting for the presence of purine riboswitches in some gammaproteobacterial species. Our work provides significant insights into the origin, distribution and regulatory role of purine riboswitches in prokaryotes.
机译：核糖开关是通过在配体结合上进行构象变化来控制基因表达的调节性RNA。使用系统发育分析和比较基因组学，我们已经能够鉴定出嘌呤核糖开关调节的基因/操纵子类别，并获得了嘌呤核糖开关在所有细菌组中分布的高分辨率图。在此过程中，我们能够解释某些基因组中特定基因上游没有嘌呤核糖开关。我们还确定了各种嘌呤核糖开关的起源，并指出并非所有的嘌呤核糖开关都起源于原始，并且某些嘌呤核糖开关一定是在进化过程中某些Firmicute顺序发生分歧后起源的。我们的研究还揭示了水平转移事件在某些γ-变形杆菌物种中存在嘌呤核糖开关的作用。我们的工作为嘌呤核糖开关在原核生物中的起源，分布和调控作用提供了重要的见识。

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