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首页> 美国卫生研究院文献>The EMBO Journal >Eight genes and alternative RNA processing pathways generate an unexpectedly large diversity of cytoplasmic intermediate filament proteins in the nematode Caenorhabditis elegans.
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Eight genes and alternative RNA processing pathways generate an unexpectedly large diversity of cytoplasmic intermediate filament proteins in the nematode Caenorhabditis elegans.

机译：八种基因和其他RNA处理途径在线虫秀丽隐杆线虫中产生出乎意料的大量胞质中间丝蛋白。

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Cytoplasmic intermediate filament (IF) proteins of Caenorhabditis elegans are encoded by a dispersed multigene family comprising at least eight genes which map to three linkage groups. Exon sequences and intron patterns define three distinct subfamilies. While all eight IF genes display the long coil 1b subdomain of nuclear lamins, only six genes (a1-a4, b1 and b2) retain a lamin-like tail domain. Two genes (c1 and c2) have acquired entirely novel tail domains. The overall sequence identity of the rod domains is only 29%. The gene structures show a strong drift in number and positions of introns, none of which are common to all genes. Individual genes share only one to four intron locations with the Helix aspersa IF gene, but all eight nematode genes together account for nine of the 10 introns of the gastropod gene. All C.elegans IF genes are transcribed and all except gene c2 produce trans-spliced mRNAs. Alternatively spliced mRNAs arise from genes a1, b2 and c2 through several mechanisms acting at the transcriptional and posttranscriptional levels. These involve the alternative use of distinct promoters, polyadenylation sequences and both cis and trans RNA splice sites. The resulting sequence variations are restricted to the non-helical end domains. Minimally 12 distinct IF proteins are encoded by the various mRNAs. Different abundances in mixed-stage nematode populations suggest cell type- and/or stage-specific expression of individual mRNAs.
机译：秀丽隐杆线虫的细胞质中间丝（IF）蛋白由分散的多基因家族编码，该家族包含至少八个映射至三个连接基团的基因。外显子序列和内含子模式定义了三个不同的亚家族。尽管所有八个IF基因均显示核纤层蛋白的长线圈1b子结构域，但只有六个基因（a1-a4，b1和b2）保留了类似lamin的尾部结构域。两个基因（c1和c2）已获得了全新的尾部结构域。杆结构域的整体序列同一性仅为29％。基因结构显示出内含子的数量和位置有很大的漂移，这些都不是所有基因共有的。单个基因与螺旋阿斯发霉IF基因仅共享一到四个内含子位置，但是所有八个线虫基因一起构成了腹足动物基因的10个内含子中的九个。所有秀丽隐杆线虫IF基因都被转录，除基因c2以外的所有均产生反式剪接的mRNA。或者，剪接的mRNA通过几种在转录和转录后水平上起作用的机制从基因a1，b2和c2产生。这些涉及不同启动子，聚腺苷酸化序列以及顺式和反式RNA剪接位点的替代使用。产生的序列变异仅限于非螺旋末端结构域。各种mRNA至少编码12种不同的IF蛋白。混合阶段线虫种群中的不同丰度表明单个mRNA的细胞类型和/或阶段特异性表达。

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