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Diversity of Influenza A(H5N1) Viruses in Infected Humans Northern Vietnam 2004–2010

机译：2004-2010年越南北部感染人类的​​甲型H5N1流感病毒的多样性

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摘要

Influenza viruses exist in each host as a collection of genetically diverse variants, which might enhance their adaptive potential. To assess the genetic and functional diversity of highly pathogenic avian influenza A(H5N1) viruses within infected humans, we used deep-sequencing methods to characterize samples obtained from infected patients in northern Vietnam during 2004–2010 on different days after infection, from different anatomic sites, or both. We detected changes in virus genes that affected receptor binding, polymerase activity, or interferon antagonism, suggesting that these factors could play roles in influenza virus adaptation to humans. However, the frequency of most of these mutations remained low in the samples tested, implying that they were not efficiently selected within these hosts. Our data suggest that adaptation of influenza A(H5N1) viruses is probably stepwise and depends on accumulating combinations of mutations that alter function while maintaining fitness.
机译：流感病毒以各种遗传变异形式存在于每个宿主中，这可能会增强其适应潜力。为了评估高致病性禽流感A（H5N1）病毒在感染人类中的遗传和功能多样性，我们使用深度测序方法对2004-2010年越南北部感染患者不同感染天数，不同解剖结构的样本进行了表征网站，或两者兼而有之。我们检测到影响受体结合，聚合酶活性或干扰素拮抗作用的病毒基因变化，表明这些因素可能在流感病毒对人类的适应中发挥作用。但是，在测试的样品中，大多数这些突变的频率仍然很低，这表明在这些宿主中没有有效地选择它们。我们的数据表明，流感A（H5N1）病毒的适应性可能是逐步的，并且取决于积累在保持适应性的同时改变功能的突变组合。

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