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Evaluation of sample preparation methods for mass spectrometry-based proteomic analysis of barley leaves

机译：基于质谱的大麦叶片蛋白质组分析样品制备方法的评估

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BackgroundSample preparation is a critical process for proteomic studies. Many efficient and reproducible sample preparation methods have been developed for mass spectrometry-based proteomic analysis of human and animal tissues or cells, but no attempt has been made to evaluate these protocols for plants. We here present an LC–MS/MS-based proteomics study of barley leaf aimed at optimization of methods to achieve efficient and unbiased trypsin digestion of proteins prior to LC–MS/MS based sequencing and quantification of peptides. We evaluated two spin filter-aided sample preparation protocols using either sodium dodecyl-sulphate or sodium deoxycholate (SDC), and three in-solution digestion (ISD) protocols using SDC or trichloroacetic acid/acetone precipitation.
机译：背景样品的制备是蛋白质组学研究的关键过程。已经开发了许多有效且可重现的样品制备方法，用于基于质谱的人和动物组织或细胞的蛋白质组学分析，但尚未尝试评估这些用于植物的方法。我们在此介绍了基于大麦叶的基于LC-MS / MS的蛋白质组学研究，旨在优化在基于LC-MS / MS的肽测序和定量之前，实现高效，无偏见的胰蛋白酶消化蛋白质的方法。我们评估了使用十二烷基硫酸钠或脱氧胆酸钠（SDC）的两种自旋过滤器辅助样品制备方案，以及使用SDC或三氯乙酸/丙酮沉淀的三种溶液内消解（ISD）方案。

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