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【2h】

Using bioinformatic and phylogenetic approaches to classify transposable elements and understand their complex evolutionary histories

机译：使用生物信息学和系统发生学方法对转座因子进行分类并了解其复杂的进化历史

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摘要

In recent years, much attention has been paid to comparative genomic studies of transposable elements (TEs) and the ensuing problems of their identification, classification, and annotation. Different approaches and diverse automated pipelines are being used to catalogue and categorize mobile genetic elements in the ever-increasing number of prokaryotic and eukaryotic genomes, with little or no connectivity between different domains of life. Here, an overview of the current picture of TE classification and evolutionary relationships is presented, updating the diversity of TE types uncovered in sequenced genomes. A tripartite TE classification scheme is proposed to account for their replicative, integrative, and structural components, and the need to expand in vitro and in vivo studies of their structural and biological properties is emphasized. Bioinformatic studies have now become front and center of novel TE discovery, and experimental pursuits of these discoveries hold great promise for both basic and applied science.
机译：近年来，人们对可转座元素（TE）的比较基因组研究及其随之产生的标识，分类和注释问题给予了极大的关注。在越来越多的原核和真核基因组中，使用不同的方法和多样化的自动流水线对移动遗传元件进行分类和分类，而在不同生活领域之间的联系很少甚至没有。在这里，概述了TE分类和进化关系的当前情况，更新了测序基因组中未发现的TE类型的多样性。提出了三方TE分类方案来考虑其复制，整合和结构成分，并强调需要扩大对其结构和生物学特性的体外和体内研究。生物信息学研究现已成为新型TE发现的前沿和中心，并且对这些发现的实验性探索对基础科学和应用科学都具有广阔的前景。

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