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首页> 美国卫生研究院文献>Nucleic Acids Research >The NMR structure of 31mer RNA domain of Escherichia coli RNase P RNA using its non-uniformly deuterium labelled counterpart the NMR-window concept.
【2h】

The NMR structure of 31mer RNA domain of Escherichia coli RNase P RNA using its non-uniformly deuterium labelled counterpart the NMR-window concept.

机译：大肠杆菌RNase P RNA的31mer RNA结构域的NMR结构使用氘标记的非均一对应物NMR-window概念。

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摘要

The NMR structure of a 31mer RNA constituting a functionally important domain of the catalytic RNase P RNA from Escherichia coli is reported. Severe spectral overlaps of the proton resonances in the natural 31mer RNA (1) were successfully tackled by unique spectral simplifications found in the partially-deuterated 31 mer RNA analogue (2) incorporating deuterated cytidines [C5 (>95 atom % 2H), C2' (>97 atom % 2H), C3' (>97 atom % 2H), C4' (>65 atom % 2H) and C5' (>97 atom % 2H)] [for the 'NMR-window' concept see: Földesi,A. et al. (1992) Tetrahedron, 48, 9033; Foldesi,A. et al. (1993) J. Biochem. Biophys. Methods, 26, 1; Yamakage,S.-I. et al. (1993) Nucleic Acids Res., 21, 5005; Agback,P. et al. (1994) Nucleic Acids Res., 22, 1404; Földesi,A. et al. (1995) Tetrahedron, 51, 10065; Földesi,A. et al. (1996) Nucleic Acids Res., 24, 1187-1194]. 175 resonances have been assigned out of total of 235 non-exchangeable proton resonances in (1) in an unprecedented manner in the absence of 13C and 15N labelling. 41 out of 175 assigned resonances could be accomplished with the help of the deuterated analogue (2). The two stems in 31mer RNA adopt an A-type RNA conformation and the base-stacking continues from stem I into the beginning of the loop I. Long distance cross-strand NOEs showed a structured conformation at the junction between stem I and loop I. The loop I-stem II junction is less ordered and shows structural perturbation at and around the G11 -C22 base pair.
机译：报道了构成来自大肠杆菌的催化性RNase P RNA的功能重要结构域的31mer RNA的NMR结构。天然31mer RNA（1）中质子共振的严重光谱重叠已通过在部分氘化的31 mer RNA类似物（2）中结合了氘化胞苷[C5（> 95 atom％2H），C2' （> 97原子％2H），C3'（> 97原子％2H），C4'（> 65原子％2H）和C5'（> 97原子％2H）] [有关“ NMR窗口”概念的信息，请参见：Földesi ，一个。等。 （1992）Tetrahedron，48，9033;弗尔德西等。 （1993）生物化学杂志。生物物理学。方法，26，1;山景，S.-I。等。 （1993）Nucleic Acids Res。，21，5005;阿格巴克等。 （1994）Nucleic Acids Res。，22，1404;弗尔德西等。 （1995）Tetrahedron，51，10065;弗尔德西等。 （1996）Nucleic Acids Res。，24，1187-1194]。在没有13 C和15 N标记的情况下，以前所未有的方式在（1）中的235个不可交换的质子共振中分配了175个共振。 175个指定的共振中的41个可以借助氘代类似物（2）完成。 31mer RNA中的两个茎采用A型RNA构象，碱基堆积从茎I一直延伸到环I的起点。长距离交叉链NOE在茎I与环I之间的连接处显示出结构化构象。环I-茎II的连接较少排序，并且显示了在G11 -C22碱基对及其周围的结构扰动。

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