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【2h】

Virus-Clip: a fast and memory-efficient viral integration site detection tool at single-base resolution with annotation capability

机译：Virus-Clip：一种快速且高效存储的病毒整合站点检测工具具有单基础分辨率并具有注释功能

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摘要

Viral integration into the human genome upon infection is an important risk factor for various human malignancies. We developed viral integration site detection tool called Virus-Clip, which makes use of information extracted from soft-clipped sequencing reads to identify exact positions of human and virus breakpoints of integration events. With initial read alignment to virus reference genome and streamlined procedures, Virus-Clip delivers a simple, fast and memory-efficient solution to viral integration site detection. Moreover, it can also automatically annotate the integration events with the corresponding affected human genes. Virus-Clip has been verified using whole-transcriptome sequencing data and its detection was validated to have satisfactory sensitivity and specificity. Marked advancement in performance was detected, compared to existing tools. It is applicable to versatile types of data including whole-genome sequencing, whole-transcriptome sequencing, and targeted sequencing. Virus-Clip is available at .
机译：感染后病毒整合入人类基因组是各种人类恶性肿瘤的重要危险因素。我们开发了一种称为Virus-Clip的病毒整合位点检测工具，该工具利用从软剪切测序读取中提取的信息来识别人类和病毒整合事件断点的确切位置。通过与病毒参考基因组的初始读取比对和简化的程序，Virus-Clip为病毒整合位点检测提供了一种简单，快速且高效存储的解决方案。此外，它还可以自动注释与相应受影响的人类基因的整合事件。已使用全转录组测序数据验证了Virus-Clip，并确认其检测具有令人满意的敏感性和特异性。与现有工具相比，检测到性能显着提高。它适用于多种类型的数据，包括全基因组测序，全转录组测序和靶向测序。可以在上找到病毒夹。

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