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Automatic validation of computational models using pseudo-3D spatio-temporal model checking

机译:使用伪3D时空模型检查自动验证计算模型

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摘要

BackgroundComputational models play an increasingly important role in systems biology for generating predictions and in synthetic biology as executable prototypes/designs. For real life (clinical) applications there is a need to scale up and build more complex spatio-temporal multiscale models; these could enable investigating how changes at small scales reflect at large scales and viceversa. Results generated by computational models can be applied to real life applications only if the models have been validated first. Traditional in silico model checking techniques only capture how non-dimensional properties (e.g. concentrations) evolve over time and are suitable for small scale systems (e.g. metabolic pathways). The validation of larger scale systems (e.g. multicellular populations) additionally requires capturing how spatial patterns and their properties change over time, which are not considered by traditional non-spatial approaches.
机译:背景技术计算模型在用于生成预测的系统生物学中以及在作为可执行原型/设计的合成生物学中发挥着越来越重要的作用。对于现实生活(临床)应用,需要扩大规模并建立更复杂的时空多尺度模型。这些可以帮助调查小规模的变化如何在大范围内反映出来,反之亦然。只有先对模型进行验证,才能将计算模型生成的结果应用于实际应用。传统的计算机模拟模型检查技术只能捕获无量纲属性(例如浓度)随时间的变化,并且适用于小规模系统(例如代谢途径)。大型系统(例如多细胞种群)的验证还需要捕获空间模式及其特性如何随时间变化,而传统的非空间方法并未考虑到这一点。

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