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Identification of genes and variants associated with quantitative traits using Bayesian factor screening

机译：使用贝叶斯因子筛选鉴定与定量性状相关的基因和变异

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摘要

We propose a factor-screening method based on a Bayesian model selection framework and apply it to Genetic Analysis Workshop 17 simulated data with unrelated individuals to identify genes and SNP variants associated with the quantitative trait Q1. A Metropolis-Hasting algorithm is implemented to generate a posterior distribution in a restricted model space and thus the marginal posterior distribution of each variant. Our framework provides flexibility to make inferences on either individual variants or genes. We obtained results for 10 simulated data sets. Our methods are able to identify FTP1 and KDR, two genes that are associated with Q1 in a majority of replicates.

机译：我们提出了一种基于贝叶斯模型选择框架的因子筛选方法，并将其应用于与无关个体的遗传分析研讨会17模拟数据，以鉴定与定量性状Q1相关的基因和SNP变异。实施Metropolis-Hasting算法以在受限模型空间中生成后验分布，从而生成每个变量的边际后验分布。我们的框架提供了对单个变体或基因进行推断的灵活性。我们获得了10个模拟数据集的结果。我们的方法能够识别FTP1和KDR，这是大多数重复序列中与Q1相关的两个基因。

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期刊名称 BMC Proceedings
作者
Kith Pradhan; Seungtai Chris Yoon; Tao Wang; Kenny Ye;
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作者单位

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年(卷),期 2011(5),Suppl 9
年度 2011
页码 S4
总页数 6
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专利

1. Identification of genes and variants associated with quantitative traits using Bayesian factor screening [J] . Kith Pradhan, Seungtai Chris Yoon, Tao Wang, BMC proceedings. . 2011,第S9期

机译：使用贝叶斯因子筛选鉴定与定量性状相关的基因和变体
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