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Phylogenomics of plant genomes: a methodology for genome-wide searches for orthologs in plants

机译：植物基因组的植物基因组学：一种在全基因组范围内搜索植物直系同源物的方法

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摘要

BackgroundGene ortholog identification is now a major objective for mining the increasing amount of sequence data generated by complete or partial genome sequencing projects. Comparative and functional genomics urgently need a method for ortholog detection to reduce gene function inference and to aid in the identification of conserved or divergent genetic pathways between several species. As gene functions change during evolution, reconstructing the evolutionary history of genes should be a more accurate way to differentiate orthologs from paralogs. Phylogenomics takes into account phylogenetic information from high-throughput genome annotation and is the most straightforward way to infer orthologs. However, procedures for automatic detection of orthologs are still scarce and suffer from several limitations.
机译：背景技术直向同源物鉴定现在是挖掘由完整或部分基因组测序项目产生的越来越多的序列数据的主要目标。比较基因组学和功能基因组学迫切需要一种直系同源物检测方法，以减少基因功能推断并帮助鉴定几种物种之间保守或不同的遗传途径。随着基因功能在进化过程中发生变化，重建基因的进化历史应该是区分直系同源物和旁系同源物的更准确方法。人体基因组学考虑了来自高通量基因组注释的系统发育信息，是推断直系同源基因的最直接方法。然而，直向同源物的自动检测程序仍然很稀少，并且受到一些限制。

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