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Application of Wavelet Packet Transform to detect genetic polymorphisms by the analysis of inter-Alu PCR patterns

机译：小波包变换在Alu间PCR模式分析中检测遗传多态性的应用

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BackgroundThe analysis of Inter-Alu PCR patterns obtained from human genomic DNA samples is a promising technique for a simultaneous analysis of many genomic loci flanked by Alu repetitive sequences in order to detect the presence of genetic polymorphisms. Inter-Alu PCR products may be separated and analyzed by capillary electrophoresis using an automatic sequencer that generates a complex pattern of peaks. We propose an algorithmic method based on the Haar-Walsh Wavelet Packet Transformation (WPT) for an efficient detection of fingerprint-type patterns generated by PCR-based methodologies. We have tested our algorithmic approach on inter-Alu patterns obtained from the genomic DNA of three couples of monozygotic twins, expecting that the inter-Alu patterns of each twins couple will show differences due to unavoidable experimental variability. On the contrary the differences among samples of different twins are supposed to originate from genetic variability. Our goal is to automatically detect regions in the inter-Alu pattern likely associated to the presence of genetic polymorphisms.
机译：背景技术从人类基因组DNA样本获得的Inter-Alu PCR模式分析是一项有前途的技术，可用于同时分析Alu重复序列侧翼的许多基因组位点，以检测遗传多态性的存在。可使用自动测序仪通过毛细管电泳分离并分析Alu间PCR产物，该自动测序仪可生成复杂的峰图。我们提出一种基于Haar-Walsh小波包变换（WPT）的算法方法，用于有效检测基于PCR的方法生成的指纹类型模式。我们已经测试了从三对单卵双胞胎的基因组DNA中获得的Alu间模式的算法方法，并期望由于不可避免的实验变异性，每对双胞胎的Alu间模式将显示差异。相反，不同双胞胎样本之间的差异被认为是遗传变异引起的。我们的目标是自动检测Alu间模式中可能与遗传多态性相关的区域。

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