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ESTclean: a cleaning tool for next-gen transcriptome shotgun sequencing

机译:ESTclean:下一代转录组shot弹枪测序的清洁工具

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摘要

BackgroundWith the advent of next-generation sequencing (NGS) technologies, full cDNA shotgun sequencing has become a major approach in the study of transcriptomes, and several different protocols in 454 sequencing have been invented. As each protocol uses its own short DNA tags or adapters attached to the ends of cDNA fragments for labeling or sequencing, different contaminants may lead to mis-assembly and inaccurate sequence products.
机译:背景技术随着下一代测序(NGS)技术的出现,完整的cDNA gun弹枪测序已成为研究转录组的主要方法,并且已经发明了454测序中的几种不同方案。由于每种方案都使用自己的短DNA标签或连接在cDNA片段末端的衔接子进行标记或测序,因此不同的污染物可能导致组装错误和序列产物不准确。

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