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MDcons: Intermolecular contact maps as a tool to analyze the interface of protein complexes from molecular dynamics trajectories

机译：MDcons：分子间接触图可作为从分子动力学轨迹分析蛋白质复合物界面的工具

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摘要

BackgroundMolecular Dynamics (MD) simulations of protein complexes suffer from the lack of specific tools in the analysis step. Analyses of MD trajectories of protein complexes indeed generally rely on classical measures, such as the RMSD, RMSF and gyration radius, conceived and developed for single macromolecules. As a matter of fact, instead, researchers engaged in simulating the dynamics of a protein complex are mainly interested in characterizing the conservation/variation of its biological interface.
机译：背景技术蛋白质复合物的分子动力学（MD）模拟在分析步骤中缺少特定的工具。蛋白质复合物的MD轨迹分析的确通常依赖于经典的测量方法，例如针对单个大分子构想和开发的RMSD，RMSF和回转半径。实际上，相反，从事模拟蛋白质复合物动力学的研究人员主要对表征其生物界面的保守性/变异性感兴趣。

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