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【2h】

Development of a group contribution method for estimating free energy of peptides in a dodecane-water system via molecular dynamic simulations

机译：通过分子动力学模拟估算十二烷-水系统中肽的自由能的基团贡献方法的开发

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BackgroundCalculation of the Gibbs free energy changes of biological molecules at the oil-water interface is commonly performed with Molecular Dynamics simulations (MD). It is a process that could be performed repeatedly in order to find some molecules of high stability in this medium.Here, an alternative method of calculation has been proposed: a group contribution method (GCM) for peptides based on MD of the twenty classic amino acids to obtain free energy change during the insertion of any peptide chain in water-dodecane interfaces. Multiple MD of the twenty classic amino acids located at the interface of rectangular simulation boxes with a dodecane-water medium were performed.
机译：背景技术通常使用分子动力学模拟（MD）对油水界面上生物分子的吉布斯自由能变化进行计算。为了在该介质中找到一些高稳定性分子，可以重复进行此过程。在此，提出了另一种计算方法：基于二十种经典氨基酸的MD的肽基团贡献法（GCM）酸在水-十二烷界面中插入任何肽链的过程中获得自由能变化。对位于矩形模拟盒与十二烷-水介质的界面处的二十种经典氨基酸进行了多重MD分析。

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