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【2h】

Parallel tiled Nussinov RNA folding loop nest generated using both dependence graph transitive closure and loop skewing

机译：并行平铺的Nussinov RNA折叠环巢使用依赖图传递闭合和循环倾斜生成

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BackgroundRNA secondary structure prediction is a compute intensive task that lies at the core of several search algorithms in bioinformatics. Fortunately, the RNA folding approaches, such as the Nussinov base pair maximization, involve mathematical operations over affine control loops whose iteration space can be represented by the polyhedral model. Polyhedral compilation techniques have proven to be a powerful tool for optimization of dense array codes. However, classical affine loop nest transformations used with these techniques do not optimize effectively codes of dynamic programming of RNA structure predictions.
机译：BackgroundRNA二级结构预测是一项计算密集型任务，它是生物信息学中几种搜索算法的核心。幸运的是，RNA折叠方法（例如Nussinov碱基对最大化）涉及仿射控制环的数学运算，其仿射空间可以由多面体模型表示。多面编译技术已被证明是优化密集阵列代码的强大工具。但是，与这些技术一起使用的经典仿射环嵌套转换不能有效地优化RNA结构预测的动态编程代码。

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