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【2h】

Which Metabolic Pathways Generate and Characterize the Flux Space? A Comparison among Elementary Modes Extreme Pathways and Minimal Generators

机译：哪些代谢途径产生并表征通量空间？基本模式极限路径和最小生成器之间的比较

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Important efforts are being done to systematically identify the relevant pathways in a metabolic network. Unsurprisingly, there is not a unique set of network-based pathways to be tagged as relevant, and at least four related concepts have been proposed: extreme currents, elementary modes, extreme pathways, and minimal generators. Basically, there are two properties that these sets of pathways can hold: they can generate the flux space—if every feasible flux distribution can be represented as a nonnegative combination of flux through them—or they can comprise all the nondecomposable pathways in the network. The four concepts fulfill the first property, but only the elementary modes fulfill the second one. This subtle difference has been a source of errors and misunderstandings. This paper attempts to clarify the intricate relationship between the network-based pathways performing a comparison among them.
机译：为了系统地识别代谢网络中的相关途径，正在做出重要的努力。毫不奇怪，没有一组独特的基于网络的路径被标记为相关，并且至少提出了四个相关概念：极端电流，基本模式，极端路径和最小生成器。基本上，这些路径集可以拥有两个属性：它们可以生成通量空间（如果每个可行的通量分布都可以表示为通过它们的通量的非负组合），或者它们可以包含网络中所有不可分解的路径。四个概念满足第一个属性，但是只有基本模式满足第二个属性。这种细微的差异一直是错误和误解的根源。本文试图阐明基于网络的路径之间进行比较的复杂关系。

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