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【2h】

Dynamical properties of a hydrated lipid bilayer from a multinanosecond molecular dynamics simulation.

机译：从多纳秒分子动力学模拟得出的水合脂质双层的动力学性质。

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A fully hydrated dimiristoylphosphatidylcholine (DMPC) bilayer has been studied by a molecular dynamics simulation. The system, which consisted of 64 DMPC molecules and 1792 water molecules, was run in the NVE ensemble at a temperature of 333 K for a total of 10 ns. The resulting trajectory was used to analyze structural and dynamical quantities. The electron density, bilayer spacing, and order parameters (S(CD)), based on the AMBER forcefield and SPCE water model are in good agreement with previous calculations and experimental data. The simulation reveals evidence for two types of lateral diffusive behavior: cage hopping and that of a two-dimensional liquid. The lateral diffusion coefficient is 8 x 10(-8) cm(2)/s. We characterize the rotational motion, and find that the lipid tail rotation (D(rot_tail) = -0.04 rad(2)s) is slower then the head group rotation (D(rot_hg) = 2.2 rad(2)s), which is slower than the overall in plane (D(rot) = 3.2 rad(2)s) for the lipid molecule.
机译：已通过分子动力学模拟研究了完全水合的二丙二醇基磷脂酰胆碱（DMPC）双层。该系统由64个DMPC分子和1792个水分子组成，在NVE集合中以333 K的温度运行了总共10 ns。产生的轨迹用于分析结构量和动力学量。基于AMBER力场和SPCE水模型的电子密度，双层间距和有序参数（S（CD））与以前的计算和实验数据非常吻合。该模拟揭示了两种类型的横向扩散行为的证据：笼式跳动和二维液体的跳动。横向扩散系数为8 x 10（-8）cm（2）/ s。我们描述了旋转运动的特征，发现脂类尾部旋转（D（rot_tail）= -0.04 rad（2）/ ns）比头部组旋转（D（rot_hg）= 2.2 rad（2）/ ns）慢，这比脂质分子的总体平面速度慢（D（rot）= 3.2 rad（2）/ ns）。

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