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【2h】

ExonVisualiser – application for visualization exon units in 2D and 3D protein structures

机译：ExonVisualiser –在2D和3D蛋白质结构中可视化外显子单元的应用

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The web application oriented on identification and visualization of protein regions encoded by exons is presented. The Exon Visualiser can be used for visualisation on different levels of protein structure: at the primary (sequence) level and secondary structures level, as well as at the level of tertiary protein structure. The programme is suitable for processing data for all genes which have protein expressions deposited in the PDB database. The procedure steps implemented in the application: I) loading exons sequences and theirs coordinates from GenBank file as well as protein sequences: CDS from GenBank and aminoacid sequence from PDB II) consensus sequence creation (comparing amino acid sequences form PDB file with the CDS sequence from GenBank file) III) matching exon coordinates IV) visualisation in 2D and 3D protein structures. Presented web-tool among others provides the color-coded graphical display of protein sequences and chains in three dimensional protein structures which are correlated with the corresponding exons.Availability
机译：介绍了面向识别和可视化外显子编码的蛋白质区域的Web应用程序。 Exon Visualiser可用于在蛋白质结构的不同级别上进行可视化：一级（序列）级和二级结构级，以及三级蛋白质结构级。该程序适合处理蛋白质表达已存储在PDB数据库中的所有基因的数据。在应用程序中执行的步骤：I）从GenBank文件中加载外显子序列及其坐标以及蛋白质序列：GenBank中的CDS和PDB II中的氨基酸序列）共有序列创建（将PDB文件中的氨基酸序列与CDS序列进行比较）来自GenBank文件）III）匹配外显子坐标IV）2D和3D蛋白质结构的可视化。除了其他工具外，目前提供的网络工具还提供了彩色编码的图形显示形式，显示了与相应外显子相关的三维蛋白质结构中的蛋白质序列和链。

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