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HPV-QUEST: A highly customized system for automated HPV sequence analysis capable of processing Next Generation sequencing data set

机译：HPV-QUEST：一种高度定制的系统用于自动HPV序列分析能够处理下一代测序数据集

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Next Generation sequencing (NGS) applied to human papilloma viruses (HPV) can provide sensitive methods to investigate the molecular epidemiology of multiple type HPV infection. Currently a genotyping system with a comprehensive collection of updated HPV reference sequences and a capacity to handle NGS data sets is lacking. HPV-QUEST was developed as an automated and rapid HPV genotyping system. The web-based HPV-QUEST subtyping algorithm was developed using HTML, PHP, Perl scripting language, and MYSQL as the database backend. HPV-QUEST includes a database of annotated HPV reference sequences with updated nomenclature covering 5 genuses, 14 species and 150 mucosal and cutaneous types to genotype blasted query sequences. HPV-QUEST processes up to 10 megabases of sequences within 1 to 2 minutes. Results are reported in html, text and excel formats and display e-value, blast score, and local and coverage identities; provide genus, species, type, infection site and risk for the best matched reference HPV sequence; and produce results ready for additional analyses.AvailabilityThe database is available for free at
机译：应用于人类乳头瘤病毒（HPV）的下一代测序（NGS）可以为研究多种类型HPV感染的分子流行病学提供灵敏的方法。当前，缺乏具有更新的HPV参考序列的全面收集和处理NGS数据集的能力的基因分型系统。 HPV-QUEST是作为自动，快速的HPV基因分型系统开发的。基于Web的HPV-QUEST子类型算法是使用HTML，PHP，Perl脚本语言和MYSQL作为数据库后端开发的。 HPV-QUEST包含带注释的HPV参考序列的数据库，该数据库具有更新的命名法，涵盖5个属，14种和150种粘膜和皮肤类型，以基因型处理成批查询序列。 HPV-QUEST在1-2分钟内可处理多达10兆碱基的序列。结果以html，文本和excel格式报告，并显示电子价值，爆炸分数以及本地和覆盖范围标识；提供最佳匹配的参考HPV序列的属，种类，类型，感染部位和风险；并生成结果以供进一步分析。可用性该数据库可从以下位置免费获得：

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