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A comprehensive analysis of predicted HLA binding peptides of JE viral proteins specific to north Indian isolates

机译：对北印度分离株特异的JE病毒蛋白的预测HLA结合肽的全面分析

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Japanese encephalitis (JE), a viral disease has significantly increased worldwide especially, in the developing region due to challenges in immunization, vector control and lack of appropriate treatment methods. An effective, yet an expensive heat-killed vaccine is available for the disease. Therefore, the design and development of short peptide vaccine candidate is promising. We used immune-informatics methods to perform a comprehensive analysis of the entire JEV proteome of north Indian isolate to identify the conserved peptides binding known specific HLA alleles among the documented JEV genotypes 1, 2, 3, 4 and 5. The prediction analysis identified 102 class I (using propred I) and 118 class II (using propred) binding peptides at 4% threshold value. These predicted HLA allele binding peptides were further analyzed for potential conserved region using IEDB (an immune epitope database and analysis resource). This analysis shows that 78.81% of class II (in genotype 2) and 76.47% of HLA I (in genotype 3) bound peptides are conserved. The peptides IPIVSVASL, KGAQRLAAL, LAVFLICVL and FRTLFGGMS, VFLICVLTV, are top ranking with potential super antigenic property by binding to all HLA allele members of B7 and DR4 super-types, respectively. This data finds application in the design and development of short peptide vaccine candidates and diagnostic agents for JE following adequate validation and verification.
机译：日本脑炎（JE）是一种病毒性疾病，在全球范围内已显着增加，尤其是在发展中地区，这是由于免疫，载体控制和缺乏适当治疗方法的挑战。一种有效但昂贵的热灭活疫苗可用于该疾病。因此，短肽候选疫苗的设计和开发是有前途的。我们使用免疫信息学方法对北印度分离株的整个JEV蛋白质组进行了全面分析，以鉴定结合已知JEV基因型1、2、3、4和5中已知的特定HLA等位基因的保守肽。预测分析确定了102 I类（使用受支持的I）和118种II类（使用受支持的）结合肽，阈值为4％。使用IEDB（免疫表位数据库和分析资源）进一步分析了这些预测的HLA等位基因结合肽的潜在保守区。该分析表明，结合的II类肽（在基因型2中）为78.81％，在HLA I（基因型3）中为76.47％是保守的。肽IPIVSVASL，KGAQRLAAL，LAVFLICVL和FRTLFGGMS，VFLICVLTV分别通过与B7和DR4超型的所有HLA等位基因成员结合，具有潜在的超抗原性，位居榜首。经过充分的验证和验证，该数据可用于设计和开发JE的短肽候选疫苗和诊断剂。

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