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首页> 美国卫生研究院文献>American Journal of Human Genetics >The Affected-/Discordant-Sib-Pair Design Can Guarantee Validity of Multipoint Model-Free Linkage Analysis of Incomplete Pedigrees When There Is Marker-Marker Disequilibrium
【2h】

The Affected-/Discordant-Sib-Pair Design Can Guarantee Validity of Multipoint Model-Free Linkage Analysis of Incomplete Pedigrees When There Is Marker-Marker Disequilibrium

机译：标记/标记不平衡时受影响/不一致的同胞对设计可以保证对不完整谱系进行多点免费模型链接分析的有效性

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摘要

Genomewide linkage studies are tending toward the use of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) as the markers of choice. However, linkage disequilibrium (LD) between tightly linked SNPs violates the fundamental assumption of linkage equilibrium (LE) between markers that underlies most multipoint calculation algorithms currently available, and this leads to inflated affected-relative-pair allele-sharing statistics when founders’ multilocus genotypes are unknown. In this study, we investigate the impact that the degree of LD, marker allele frequency, and association type have on estimating the probabilities of sharing alleles identical by descent in multipoint calculations and hence on type I error rates of different sib-pair linkage approaches that assume LE. We show that marker-marker LD does not inflate type I error rates of affected sib pair (ASP) statistics in the whole parameter space, and that, in any case, discordant sib pairs (DSPs) can be used to control for marker-marker LD in ASPs. We advocate the ASP/DSP design with appropriate sib-pair statistics that test the difference in allele sharing between ASPs and DSPs.
机译：全基因组连锁研究趋向于使用单核苷酸多态性（SNP）作为选择标记。但是，紧密连接的SNP之间的连锁不平衡（LD）违反了目前大多数多点计算算法所依据的标记之间的连锁平衡（LE）的基本假设，并且当创始人的多基因座共享受影响的相对对等位基因共享统计数据时，这种情况会被夸大基因型未知。在这项研究中，我们调查了LD程度，标记等位基因频率和关联类型对估计多点计算中通过下降的相同等位基因共享概率的影响，以及由此对不同同胞对连锁方法的I型错误率的影响。承担LE。我们表明标记标记LD不会在整个参数空间中增加受影响的同胞对（ASP）统计信息的I型错误率，并且在任何情况下，不一致的同胞对（DSP）均可用于控制标记对LD在ASP中。我们提倡使用适当的同胞对统计来测试ASP / DSP设计，以测试ASP和DSP之间的等位基因共享差异。

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