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Analysis of pattern overlaps and exact computation of P-values of pattern occurrences numbers: case of Hidden Markov Models

机译:模式重叠分析和模式出现次数P值的精确计算:隐马尔可夫模型的情况

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摘要

BackgroundFinding new functional fragments in biological sequences is a challenging problem. Methods addressing this problem commonly search for clusters of pattern occurrences that are statistically significant. A measure of statistical significance is the P-value of a number of pattern occurrences, i.e. the probability to find at least S occurrences of words from a pattern in a random text of length N generated according to a given probability model. All words of the pattern are supposed to be of same length.
机译:背景技术在生物序列中寻找新的功能性片段是一个具有挑战性的问题。解决此问题的方法通常会搜索具有统计意义的模式出现的群集。统计显着性的度量是多个模式出现的P值,即根据给定的概率模型从长度为N的随机文本中的模式中找到至少S个单词出现的概率。模式的所有单词都应具有相同的长度。

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