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GeoBoost: accelerating research involving the geospatial metadata of virus GenBank records

机译：GeoBoost：加速涉及病毒GenBank记录的地理空间元数据的研究

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SummaryGeoBoost is a command-line software package developed to address sparse or incomplete metadata in GenBank sequence records that relate to the location of the infected host (LOIH) of viruses. Given a set of GenBank accession numbers corresponding to virus GenBank records, GeoBoost extracts, integrates and normalizes geographic information reflecting the LOIH of the viruses using integrated information from GenBank metadata and related full-text publications. In addition, to facilitate probabilistic geospatial modeling, GeoBoost assigns probability scores for each possible LOIH.

机译：SummaryGeoBoost是一个命令行软件包，旨在解决GenBank序列记录中与病毒感染主机（LOIH）的位置有关的稀疏或不完整的元数据。给定一组与病毒GenBank记录相对应的GenBank登录号，GeoBoost将使用来自GenBank元数据和相关全文出版物的集成信息来提取，整合和归一化反映病毒LOIH的地理信息。此外，为了促进概率地理空间建模，GeoBoost会为每个可能的LOIH分配概率分数。

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期刊名称 Bioinformatics
作者
Tasnia Tahsin; Davy Weissenbacher; Karen O’Connor; Arjun Magge; Matthew Scotch; Graciela Gonzalez-Hernandez;
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作者单位

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年(卷),期 -1(34),9
年度 -1
页码 1606–1608
总页数 3
原文格式 PDF
正文语种
中图分类应用微生物学;生化遗传学;生化药理学;
关键词

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专利

1. GeoBoost: accelerating research involving the geospatial metadata of virus GenBank records [J] . Tahsin Tasnia, Weissenbacher Davy, OConnor Karen, Bioinformatics . 2018,第9期

机译：Geoboost：加速研究涉及病毒Genbank记录的地理空间元数据
2. A high-precision rule-based extraction system for expanding geospatial metadata in GenBank records [J] . Tahsin Tasnia, Weissenbacher Davy, Rivera Robert, Journal of the American Medical Informatics Association : . 2016,第5期

机译：一种基于规则的高精度提取系统，用于扩展GenBank记录中的地理空间元数据
3. The BonaRes metadata schema for geospatial soil-agricultural research data - Merging INSPIRE and DataCite metadata schemes [J] . Specka Xenia, Gaertner Philipp, Hoffmann Carsten, Computers & geosciences . 2019,第NOVa期

机译：用于地理空间土壤农业研究数据的BonaRes元数据模式-合并INSPIRE和DataCite元数据方案
4. GeoBoost: An AJAX Web 2.0 Collaborative Geospatial Visualization Framework [C] . Stephen G. Eick, M. Andrew Eick, Jesse Fugitt, IEEE Aerospace Conference . 2007

机译：Geoboost：Ajax Web 2.0协同地理空间可视化框架
5. Geospatial metadata community adaptor Applying XSLT technologies to geographic metadata to address interoperability and compatibility issues. [D] . Yan, Qiping. 2014

机译：地理空间元数据社区适配器将XSLT技术应用于地理元数据以解决互操作性和兼容性问题。
6. A high-precision rule-based extraction system for expanding geospatial metadata in GenBank records [O] . Tasnia Tahsin, Davy Weissenbacher, Robert Rivera, 2016

机译：一种基于规则的高精度提取系统用于扩展GenBank记录中的地理空间元数据
7. GeoBoost2: a natural languageprocessing pipeline for GenBank metadata enrichment for virus phylogeography [O] . Arjun Magge, Davy Weissenbacher, Karen O’Connor, 2020

机译：Geoboost2：一种自然语言处理病毒富集的Genbank元数据的流水线
8. Metadata Wizard: An Easy-to-Use Tool for Creating FGDC-CSDGM Metadata for Geospatial Datasets in ESRI ArcGIS Desktop . [R] . Ignizio, D. A., O'Donnell, M. S., Talbert, C. B. 2014

机译：元数据向导：一种易于使用的工具，用于在EsRI arcGIs Desktop中为地理空间数据集创建FGDC-CsDGm元数据。

GeoBoost: accelerating research involving the geospatial metadata of virus GenBank records

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