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首页> 美国卫生研究院文献>Bioinformatics >GPU linear and non-linear Poisson–Boltzmann solver module for DelPhi
【2h】

GPU linear and non-linear Poisson–Boltzmann solver module for DelPhi

机译：用于DelPhi的GPU线性和非线性Poisson–Boltzmann求解器模块

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摘要

>Summary: In this work, we present a CUDA-based GPU implementation of a Poisson–Boltzmann equation solver, in both the linear and non-linear versions, using double precision. A finite difference scheme is adopted and made suitable for the GPU architecture. The resulting code was interfaced with the electrostatics software for biomolecules DelPhi, which is widely used in the computational biology community. The algorithm has been implemented using CUDA and tested over a few representative cases of biological interest. Details of the implementation and performance test results are illustrated. A speedup of ∼10 times was achieved both in the linear and non-linear cases.>Availability and implementation: The module is open-source and available at .>Contact: >Supplementary information: are available at Bioinformatics online
机译：>摘要：在这项工作中，我们使用双精度的线性和非线性版本展示了Poisson–Boltzmann方程求解器的基于CUDA的GPU实现。采用有限差分方案，使其适合于GPU体系结构。生成的代码与用于生物分子的DelPhi静电软件对接，该软件已在计算生物学领域广泛使用。该算法已使用CUDA实现，并在一些具有生物学意义的代表性案例中进行了测试。详细说明了实现和性能测试结果。在线性和非线性情况下，均可实现约10倍的加速。>可用性和实现：该模块是开源的，可通过以下网址获得。>联系方式： >补充信息：可在生物信息学在线获得

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