• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 美国卫生研究院文献>Bioinformatics >SECISaln a web-based tool for the creation of structure-based alignments of eukaryotic SECIS elements
【2h】

SECISaln a web-based tool for the creation of structure-based alignments of eukaryotic SECIS elements

机译：SECISaln基于Web的工具用于创建真核SECIS元素的基于结构的比对

代理获取
本网站仅为用户提供外文OA文献查询和代理获取服务，本网站没有原文。下单后我们将采用程序或人工为您竭诚获取高质量的原文，但由于OA文献来源多样且变更频繁，仍可能出现获取不到、文献不完整或与标题不符等情况，如果获取不到我们将提供退款服务。请知悉。
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

>Summary: Selenoproteins contain the 21st amino acid selenocysteine which is encoded by an inframe UGA codon, usually read as a stop. In eukaryotes, its co-translational recoding requires the presence of an RNA stem–loop structure, the SECIS element in the 3 untranslated region of (UTR) selenoprotein mRNAs. Despite little sequence conservation, SECIS elements share the same overall secondary structure. Until recently, the lack of a significantly high number of selenoprotein mRNA sequences hampered the identification of other potential sequence conservation. In this work, the web-based tool SECISaln provides for the first time an extensive structure-based sequence alignment of SECIS elements resulting from the well-defined secondary structure of the SECIS RNA and the increased size of the eukaryotic selenoproteome. We have used SECISaln to improve our knowledge of SECIS secondary structure and to discover novel, conserved nucleotide positions and we believe it will be a useful tool for the selenoprotein and RNA scientific communities.>Availability: SECISaln is freely available as a web-based tool at .>Contact: >Supplementary information: are available at Bioinformatics online.
机译：>摘要：硒蛋白包含第21个氨基酸硒代半胱氨酸，该氨基酸由一个读码框内的UGA密码子编码，通常被读作一个终止位。在真核生物中，其共翻译编码需要存在RNA茎环结构，即SEUT元件位于（UTR）硒蛋白mRNA 3个非翻译区域中。尽管几乎不保留序列，但SECIS元素共有相同的整体二级结构。直到最近，硒蛋白mRNA序列数量的大量缺乏仍阻碍了其他潜在序列保守性的鉴定。在这项工作中，基于Web的工具SECISaln首次提供了SECIS元素的基于结构的广泛序列比对，这是由于SECIS RNA的明确二级结构和真核硒蛋白组的大小增加所致。我们已经使用SECISaln来提高我们对SECIS二级结构的了解并发现新颖的保守核苷酸位置，我们相信它将对硒蛋白和RNA科学界有用。>可用性： SECISaln可免费获得作为基于Web的工具，请访问。>联系方式： >补充信息：可在线访问生物信息学。

著录项

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
代理获取

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号