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MetaboNetworks an interactive Matlab-based toolbox for creating customizing and exploring sub-networks from KEGG

机译:MetaboNetworks一个基于Matlab的交互式工具箱用于从KEGG创建自定义和探索子网

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摘要

>Summary: MetaboNetworks is a tool to create custom sub-networks in Matlab using main reaction pairs as defined by the Kyoto Encyclopaedia of Genes and Genomes and can be used to explore transgenomic interactions, for example mammalian and bacterial associations. It calculates the shortest path between a set of metabolites (e.g. biomarkers from a metabonomic study) and plots the connectivity between metabolites as links in a network graph. The resulting graph can be edited and explored interactively. Furthermore, nodes and edges in the graph are linked to the Kyoto Encyclopaedia of Genes and Genomes compound and reaction pair web pages.>Availability and implementation: MetaboNetworks is available from .>Contact: or >Supplementary information: are available at Bioinformatics online.
机译:>摘要:MetaboNetworks是一种工具,可使用《京都议定书》的基因和基因组百科全书中定义的主要反应对在Matlab中创建自定义子网络,可用于探索跨基因组相互作用,例如哺乳动物和细菌的关联。它计算一组代谢物之间的最短路径(例如,来自代谢组学研究的生物标志物),并绘制代谢物之间的连通性作为网络图中的链接。可以交互编辑和浏览结果图。此外,图中的节点和边都链接到《京都议定书》的基因和基因组化合物和反应对网页。>可用性和实现:MetaboNetworks可从。>联系方式获得。或>补充信息:可在线访问生物信息学。

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