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Graphics processing unit implementations of relative expression analysis algorithms enable dramatic computational speedup

机译:相对表达分析算法的图形处理单元实现可显着提高计算速度

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摘要

>Summary: The top-scoring pair (TSP) and top-scoring triplet (TST) algorithms are powerful methods for classification from expression data, but analysis of all combinations across thousands of human transcriptome samples is computationally intensive, and has not yet been achieved for TST. Implementation of these algorithms for the graphics processing unit results in dramatic speedup of two orders of magnitude, greatly increasing the searchable combinations and accelerating the pace of discovery.>Availability: .>Contact: >Supplementary information: are available at Bioinformatics online.
机译:>摘要:得分最高的对(TSP)和得分最高的三重态(TST)算法是用于根据表达数据进行分类的强大方法,但是对成千上万的人类转录组样本中所有组合进行分析的计算量很大,尚未达到TST的要求。这些算法在图形处理单元上的实施可显着提高两个数量级的速度,从而大大增加了可搜索的组合并加快了发现的步伐。>可用性:。>联系方式: >补充信息:可在线访问生物信息学。

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