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Improved measures for evolutionary conservation that exploit taxonomy distances

机译：利用分类学距离改进进化保护措施

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摘要

Selective pressures on protein-coding regions that provide fitness advantages can lead to the regions' fixation and conservation in genome duplications and speciation events. Consequently, conservation analyses relying on sequence similarities are exploited by a myriad of applications across all biosciences to identify functionally important protein regions. While very potent, existing conservation measures based on multiple sequence alignments are so pervasive that improvements to solutions of many problems have become incremental. We introduce a new framework for evolutionary conservation with measures that exploit taxonomy distances across species. Results show that our taxonomy-based framework comfortably outperforms existing conservation measures in identifying deleterious variants observed in the human population, including variants located in non-abundant sequence domains such as intrinsically disordered regions. The predictive power of our approach emphasizes that the phenotypic effects of sequence variants can be taxonomy-level specific and thus, conservation needs to be interpreted accordingly.
机译：提供适应性优势的蛋白质编码区域的选择性压力可能导致该区域在基因组重复和物种形成事件中的固定和保守。因此，依赖于序列相似性的保守性分析被所有生物科学中的众多应用所利用，以鉴定功能上重要的蛋白质区域。虽然非常有效，但基于多重序列比对的现有保护措施是如此普遍，以至于对许多问题的解决方案的改进变得越来越重要。我们引入了一种新的进化保护框架，其中包括利用物种间分类距离的措施。结果表明，我们的基于分类法的框架在识别人群中观察到的有害变体（包括位于非丰度序列域中的变体，例如内在无序的区域）方面，舒适地胜过了现有的保护措施。我们方法的预测能力强调，序列变体的表型效应可能是分类学一级的特异性，因此需要相应地解释保守性。

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