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An automated Genomes-to-Natural Products platform (GNP) for the discovery of modular natural products

机译：自动化的基因组到天然产物平台（GNP）用于发现模块化天然产物

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Bacterial natural products are a diverse and valuable group of small molecules, and genome sequencing indicates that the vast majority remain undiscovered. The prediction of natural product structures from biosynthetic assembly lines can facilitate their discovery, but highly automated, accurate, and integrated systems are required to mine the broad spectrum of sequenced bacterial genomes. Here we present a genome-guided natural products discovery tool to automatically predict, combinatorialize and identify polyketides and nonribosomal peptides from biosynthetic assembly lines using LC–MS/MS data of crude extracts in a high-throughput manner. We detail the directed identification and isolation of six genetically predicted polyketides and nonribosomal peptides using our Genome-to-Natural Products platform. This highly automated, user-friendly programme provides a means of realizing the potential of genetically encoded natural products.
机译：细菌天然产物是多种多样且有价值的小分子，而基因组测序表明绝大多数仍未被发现。通过生物合成装配线对天然产物结构的预测可以促进它们的发现，但是需要高度自动化，准确和集成的系统才能挖掘广泛的测序细菌基因组。在这里，我们介绍了一种基因组引导的天然产物发现工具，该工具可以使用粗提取物的LC-MS / MS数据以高通量方式自动预测，组合和鉴定生物合成装配线中的聚酮和非核糖体肽。我们详细介绍了使用我们的基因组至天然产物平台对六个遗传预测的聚酮化合物和非核糖体肽进行的定向鉴定和分离。这个高度自动化，用户友好的程序提供了一种手段，可以实现遗传编码的天然产物的潜力。

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