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【2h】

Consensus coding sequence (CCDS) database: a standardized set of human and mouse protein-coding regions supported by expert curation

机译：共识编码序列（CCDS）数据库：专家策展支持的一组标准的人类和小鼠蛋白质编码区

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The Consensus Coding Sequence (CCDS) project provides a dataset of protein-coding regions that are identically annotated on the human and mouse reference genome assembly in genome annotations produced independently by NCBI and the Ensembl group at EMBL-EBI. This dataset is the product of an international collaboration that includes NCBI, Ensembl, HUGO Gene Nomenclature Committee, Mouse Genome Informatics and University of California, Santa Cruz. Identically annotated coding regions, which are generated using an automated pipeline and pass multiple quality assurance checks, are assigned a stable and tracked identifier (CCDS ID). Additionally, coordinated manual review by expert curators from the CCDS collaboration helps in maintaining the integrity and high quality of the dataset. The CCDS data are available through an interactive web page () and an FTP site (). In this paper, we outline the ongoing work, growth and stability of the CCDS dataset and provide updates on new collaboration members and new features added to the CCDS user interface. We also present expert curation scenarios, with specific examples highlighting the importance of an accurate reference genome assembly and the crucial role played by input from the research community.
机译：共识编码序列（CCDS）项目提供了一个蛋白质编码区的数据集，该区在由NCBI和EMBL-EBI的Ensembl组独立产生的基因组注释中，在人类和小鼠参考基因组装配上具有相同的注释。该数据集是国际合作的产物，该合作包括NCBI，Ensembl，HUGO基因命名委员会，小鼠基因组信息学和加利福尼亚大学圣克鲁斯分校。使用自动流水线生成并通过多次质量保证检查的，带有相同注释的编码区域被分配了稳定且可跟踪的标识符（CCDS ID）。此外，来自CCDS合作的专家策展人的协调人工审查有助于维护数据集的完整性和高质量。可通过交互式网页（）和FTP站点（）获得CCDS数据。在本文中，我们概述了CCDS数据集的正在进行的工作，增长和稳定性，并提供了有关新协作成员和CCDS用户界面中新增功能的更新。我们还将介绍专家策划方案，并通过具体示例突出准确参考基因组装配的重要性以及研究团体的意见所起的关键作用。

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