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【2h】

Strategies for Partitioning Clock Models in Phylogenomic Dating: Application to the Angiosperm Evolutionary Timescale

机译：在系统约会中划分时钟模型的策略：在被子植物进化时间尺度中的应用

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摘要

Evolutionary timescales can be inferred from molecular sequence data using a Bayesian phylogenetic approach. In these methods, the molecular clock is often calibrated using fossil data. The uncertainty in these fossil calibrations is important because it determines the limiting posterior distribution for divergence-time estimates as the sequence length tends to infinity. Here, we investigate how the accuracy and precision of Bayesian divergence-time estimates improve with the increased clock-partitioning of genome-scale data into clock-subsets. We focus on a data set comprising plastome-scale sequences of 52 angiosperm taxa. There was little difference among the Bayesian date estimates whether we chose clock-subsets based on patterns of among-lineage rate heterogeneity or relative rates across genes, or by random assignment. Increasing the degree of clock-partitioning usually led to an improvement in the precision of divergence-time estimates, but this increase was asymptotic to a limit presumably imposed by fossil calibrations. Our clock-partitioning approaches yielded highly precise age estimates for several key nodes in the angiosperm phylogeny. For example, when partitioning the data into 20 clock-subsets based on patterns of among-lineage rate heterogeneity, we inferred crown angiosperms to have arisen 198–178 Ma. This demonstrates that judicious clock-partitioning can improve the precision of molecular dating based on phylogenomic data, but the meaning of this increased precision should be considered critically.
机译：进化时标可以使用贝叶斯系统进化方法从分子序列数据中推断出来。在这些方法中，分子钟通常使用化石数据进行校准。这些化石校准的不确定性很重要，因为随着序列长度趋于无穷大，它确定了发散时间估计的后验极限分布。在这里，我们调查了贝叶斯发散时间估计的准确性和精度如何随基因组规模数据到时钟子集的时钟划分增加而提高。我们专注于一个数据集，该数据集包含52个被子植物类群的塑性组尺度序列。在贝叶斯日期估计之间几乎没有什么区别，我们是根据族间比率异质性模式还是跨基因的相对比率模式，还是通过随机分配来选择时钟子集。时钟划分度的增加通常会导致发散时间估计的精度提高，但是这种增加是渐近的，可能是由化石校准所强加的。我们的时钟划分方法为被子植物系统发育中的几个关键节点提供了高度精确的年龄估计。例如，当根据沿袭率异质性的模式将数据划分为20个时钟子集时，我们推断冠状被子植物已生长198–178 Ma。这表明明智的时钟划分可以提高基于植物统计学数据的分子测年的精度，但这种提高的精度的含义应予以严格考虑。

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