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Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads

机译：Colib在星系上的阅读：专用于从原始NGS阅读中提取生物信息的工具套件

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BackgroundWith next-generation sequencing (NGS) technologies, the life sciences face a deluge of raw data. Classical analysis processes for such data often begin with an assembly step, needing large amounts of computing resources, and potentially removing or modifying parts of the biological information contained in the data. Our approach proposes to focus directly on biological questions, by considering raw unassembled NGS data, through a suite of six command-line tools.

机译：背景技术借助下一代测序（NGS）技术，生命科学面临大量原始数据。对此类数据的经典分析过程通常从组装步骤开始，需要大量的计算资源，并且有可能删除或修改数据中包含的部分生物信息。我们的方法建议通过六个命令行工具套件，通过考虑原始的未汇编NGS数据来直接关注生物学问题。

著录项

期刊名称 GigaScience
作者
Yvan Le Bras; Olivier Collin; Cyril Monjeaud; Vincent Lacroix; Éric Rivals; Claire Lemaitre; Vincent Miele; Gustavo Sacomoto; Camille Marchet; Bastien Cazaux; Amal Zine El Aabidine; Leena Salmela; Susete Alves-Carvalho; Alexan Andrieux; Raluca Uricaru; Pierre Peterlongo;
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作者单位

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年(卷),期 2016(5),-1
年度 2016
页码 9
总页数 14
原文格式 PDF
正文语种
中图分类
关键词
NGS Metagenomics RNA-seq Variant calling Whole-genome assembly-less treatment De Bruijn graph Bloom filter long read correction;

机译：NGS;元基因组学;RNA序列;变异调用;全基因组无装配处理;De Bruijn图;Bloom过滤器;长读校正;

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1. Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads [J] . Le Bras Yvan, Collin Olivier, Monjeaud Cyril, GigaScience . 2016,第1期

机译：Colib在星系上的阅读：专用于从原始NGS阅读中提取生物信息的工具套件
2. Ultra-low input single tube linked read library method enables NGS systems generate accurate & economical long read information for broad applications [J] . Yong Wang Journal of biomolecular techniques :JBT. . 2020,第Suppl期

机译：超低输入单管连接读取库方法使NGS系统能够为广泛应用产生准确和经济的长读取信息
3. Gencore: an efficient tool to generate consensus reads for error suppressing and duplicate removing of NGS data [J] . Shifu Chen, Yanqing Zhou, Yaru Chen, BMC Bioinformatics . 2019,第S23期

机译：Gencore：一个有效的工具，用于生成共识读取的错误抑制和重复删除NGS数据
4. Mapping-Free and Assembly-Free Discovery of Inversion Breakpoints from Raw NGS Reads [C] . Claire Lemaitre, Liviu Ciortuz, Pierre Peterlongo International conference on algorithms for computational biology . 2014

机译：从原始NGS读取中无映射和无汇编的反转断点发现
5. Building Bioinformatic Tools for Massive Repurposing of Multi-omic Data in the Sequence Read Archive [D] . Tsui, Brian Yik Tak 2019

机译：构建用于大规模重用序列阅读档案中多组数据的生物信息学工具
6. De novo construction of a Gene-space for diploid plant genome rich in repetitive sequences by an iterative Process of Extraction and Assembly of NGS reads (iPEA protocol) with limited computing resources [O] . Christelle Aluome, Grégoire Aubert, Susete Alves Carvalho, 2016

机译：通过使用有限的计算资源进行NGS读段的提取和组装的迭代过程（iPEA协议）从头构建富含重复序列的二倍体植物基因组的基因空间
7. Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads [O] . Yvan Le Bras, Olivier Collin, Cyril Monjeaud, 2016

机译：Colib在星系上的阅读：专用于从原始NGS阅读中提取生物信息的工具套件

Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads

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