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Targeted journal curation as a method to improve data currency at the Comparative Toxicogenomics Database

机译：有针对性的期刊策展作为改进比较毒物基因组学数据库中数据流通性的一种方法

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摘要

The Comparative Toxicogenomics Database (CTD) is a public resource that promotes understanding about the effects of environmental chemicals on human health. CTD biocurators read the scientific literature and manually curate a triad of chemical–gene, chemical–disease and gene–disease interactions. Typically, articles for CTD are selected using a chemical-centric approach by querying PubMed to retrieve a corpus containing the chemical of interest. Although this technique ensures adequate coverage of knowledge about the chemical (i.e. data completeness), it does not necessarily reflect the most current state of all toxicological research in the community at large (i.e. data currency). Keeping databases current with the most recent scientific results, as well as providing a rich historical background from legacy articles, is a challenging process. To address this issue of data currency, CTD designed and tested a journal-centric approach of curation to complement our chemical-centric method. We first identified priority journals based on defined criteria. Next, over 7 weeks, three biocurators reviewed 2425 articles from three consecutive years (2009–2011) of three targeted journals. From this corpus, 1252 articles contained relevant data for CTD and 52 752 interactions were manually curated. Here, we describe our journal selection process, two methods of document delivery for the biocurators and the analysis of the resulting curation metrics, including data currency, and both intra-journal and inter-journal comparisons of research topics. Based on our results, we expect that curation by select journals can (i) be easily incorporated into the curation pipeline to complement our chemical-centric approach; (ii) build content more evenly for chemicals, genes and diseases in CTD (rather than biasing data by chemicals-of-interest); (iii) reflect developing areas in environmental health and (iv) improve overall data currency for chemicals, genes and diseases.Database URL:
机译：比较毒物基因组学数据库（CTD）是一种公共资源，可促进人们对环境化学物质对人类健康的影响的了解。 CTD生物馆员阅读科学文献，并手动策划化学-基因，化学-疾病和基因-疾病相互作用的三元组。通常，通过查询PubMed以检索包含目标化学物质的语料库，使用以化学物质为中心的方法选择CTD的文章。尽管此技术可确保充分涵盖有关化学的知识（即数据完整性），但不一定反映整个社区所有毒理学研究的最新状态（即数据货币）。要使数据库保持最新的最新科学成果，并提供遗留文章的丰富历史背景，这是一个充满挑战的过程。为了解决这一数据流通问题，CTD设计并测试了以期刊为中心的策展方法，以补充我们以化学为中心的方法。我们首先根据定义的标准确定了优先期刊。接下来，在7个星期内，三位生物策展人审阅了连续三年（2009-2011年）的三种针对性期刊的2425篇文章。从该语料库中，有1252篇文章包含了有关CTD的相关数据，并人工策划了52 752次交互。在这里，我们描述了我们的期刊选择过程，两种针对生物管理者的文件传递方法以及对所产生的策展指标的分析，包括数据货币，以及期刊间和期刊间研究主题的比较。根据我们的结果，我们希望通过精选期刊进行策展（i）可以轻松地纳入策展渠道，以补充我们以化学为中心的方法； （ii）为CTD中的化学物质，基因和疾病更均匀地建立内容（而不是使感兴趣的化学物质偏向数据）； （iii）反映环境健康方面的发展中地区，以及（iv）改善化学品，基因和疾病的总体数据流通率。

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