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首页> 美国卫生研究院文献>Nucleic Acids Research >SteinerNet: a web server for integrating ‘omic’ data to discover hidden components of response pathways
【2h】

SteinerNet: a web server for integrating ‘omic’ data to discover hidden components of response pathways

机译：SteinerNet：一种网络服务器用于集成组学数据以发现响应路径的隐藏组件

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摘要

High-throughput technologies including transcriptional profiling, proteomics and reverse genetics screens provide detailed molecular descriptions of cellular responses to perturbations. However, it is difficult to integrate these diverse data to reconstruct biologically meaningful signaling networks. Previously, we have established a framework for integrating transcriptional, proteomic and interactome data by searching for the solution to the prize-collecting Steiner tree problem. Here, we present a web server, SteinerNet, to make this method available in a user-friendly format for a broad range of users with data from any species. At a minimum, a user only needs to provide a set of experimentally detected proteins and/or genes and the server will search for connections among these data from the provided interactomes for yeast, human, mouse, Drosophila melanogaster and Caenorhabditis elegans. More advanced users can upload their own interactome data as well. The server provides interactive visualization of the resulting optimal network and downloadable files detailing the analysis and results. We believe that SteinerNet will be useful for researchers who would like to integrate their high-throughput data for a specific condition or cellular response and to find biologically meaningful pathways. SteinerNet is accessible at .
机译：包括转录谱分析，蛋白质组学和反向遗传学筛选在内的高通量技术提供了细胞对微扰反应的详细分子描述。然而，难以整合这些多样化的数据以重建具有生物学意义的信号网络。以前，我们已经建立了一个框架，通过寻找奖品收集Steiner树问题的解决方案来整合转录，蛋白质组和交互组数据。在这里，我们介绍了一个Web服务器SteinerNet，以易于使用的格式为广泛使用任何物种数据的用户提供此方法。至少，用户只需要提供一组实验检测到的蛋白质和/或基因，服务器就会从提供的相互作用组中搜索酵母，人类，小鼠，果蝇和秀丽隐杆线虫的这些数据中的连接。更高级的用户也可以上传自己的交互组数据。该服务器提供生成的最佳网络的交互式可视化效果，并提供详细分析和结果的可下载文件。我们相信SteinerNet对于希望针对特定条件或细胞反应整合其高通量数据并寻找生物学上有意义的途径的研究人员将非常有用。可通过访问SteinerNet。

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