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【2h】

H++ 3.0: automating pK prediction and the preparation of biomolecular structures for atomistic molecular modeling and simulations

机译：H ++ 3.0：自动进行pK预测并准备用于原子分子建模和模拟的生物分子结构

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The accuracy of atomistic biomolecular modeling and simulation studies depend on the accuracy of the input structures. Preparing these structures for an atomistic modeling task, such as molecular dynamics (MD) simulation, can involve the use of a variety of different tools for: correcting errors, adding missing atoms, filling valences with hydrogens, predicting pK values for titratable amino acids, assigning predefined partial charges and radii to all atoms, and generating force field parameter/topology files for MD. Identifying, installing and effectively using the appropriate tools for each of these tasks can be difficult for novice and time-consuming for experienced users. H++ () is a free open-source web server that automates the above key steps in the preparation of biomolecular structures for molecular modeling and simulations. H++ also performs extensive error and consistency checking, providing error/warning messages together with the suggested corrections. In addition to numerous minor improvements, the latest version of H++ includes several new capabilities and options: fix erroneous (flipped) side chain conformations for HIS, GLN and ASN, include a ligand in the input structure, process nucleic acid structures and generate a solvent box with specified number of common ions for explicit solvent MD.
机译：原子生物分子建模和仿真研究的准确性取决于输入结构的准确性。为原子建模任务（例如分子动力学（MD）模拟）准备这些结构时，可能需要使用多种不同的工具，例如：校正错误，添加缺失的原子，用氢填充化合价，预测可滴定氨基酸的pK值，为所有原子分配预定义的部分电荷和半径，并为MD生成力场参数/拓扑文件。对于新手来说，识别，安装和有效使用适当的工具来完成每项任务可能很困难，并且对于有经验的用户来说很耗时。 H ++（）是一个免费的开放源代码Web服务器，它可以自动完成上述用于分子建模和模拟的生物分子结构的制备中的关键步骤。 H ++还执行广泛的错误和一致性检查，提供错误/警告消息以及建议的更正。除了许多小的改进之外，最新版本的H ++还包括几个新功能和选项：修复HIS，GLN和ASN的错误（翻转）侧链构象，在输入结构中包括配体，处理核酸结构并生成溶剂带有指定数量的显性溶剂MD的公共离子的框。

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