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【2h】

MaXIC-Q Web: a fully automated web service using statistical and computational methods for protein quantitation based on stable isotope labeling and LC–MS

机译：MaXIC-Q Web：基于统计和计算方法的全自动Web服务用于基于稳定同位素标记和LC-MS的蛋白质定量

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Isotope labeling combined with liquid chromatography–mass spectrometry (LC–MS) provides a robust platform for analyzing differential protein expression in proteomics research. We present a web service, called MaXIC-Q Web (), for quantitation analysis of large-scale datasets generated from proteomics experiments using various stable isotope-labeling techniques, e.g. SILAC, ICAT and user-developed labeling methods. It accepts spectral files in the standard mzXML format and search results from SEQUEST, Mascot and ProteinProphet as input. Furthermore, MaXIC-Q Web uses statistical and computational methods to construct two kinds of elution profiles for each ion, namely, PIMS (projected ion mass spectrum) and XIC (extracted ion chromatogram) from MS data. Toward accurate quantitation, a stringent validation procedure is performed on PIMSs to filter out peptide ions interfered with co-eluting peptides or noise. The areas of XICs determine ion abundances, which are used to calculate peptide and protein ratios. Since MaXIC-Q Web adopts stringent validation on spectral data, it achieves high accuracy so that manual validation effort can be substantially reduced. Furthermore, it provides various visualization diagrams and comprehensive quantitation reports so that users can conveniently inspect quantitation results. In summary, MaXIC-Q Web is a user-friendly, interactive, robust, generic web service for quantitation based on ICAT and SILAC labeling techniques.
机译：同位素标记与液相色谱-质谱联用（LC-MS）为蛋白质组学研究中差异蛋白质表达的分析提供了一个强大的平台。我们提供了一个名为MaXIC-Q Web（）的网络服务，用于对使用各种稳定同位素标记技术（例如，蛋白质组学）从蛋白质组学实验中生成的大规模数据集进行定量分析。 SILAC，ICAT和用户开发的标签方法。它接受标准mzXML格式的光谱文件，并将SEQUEST，Mascot和ProteinProphet的搜索结果作为输入。此外，MaXIC-Q Web使用统计和计算方法为每种离子构建两种洗脱曲线，分别是MS数据中的PIMS（投影离子质谱）和XIC（萃取离子色谱图）。为了实现精确定量，对PIMS进行了严格的验证程序，以滤出干扰了共洗脱肽或噪音的肽离子。 XIC的面积确定离子丰度，用于计算肽和蛋白质的比例。由于MaXIC-Q Web对光谱数据采用严格的验证，因此可以实现高精度，从而可以大大减少手动验证工作。此外，它提供了各种可视化图和全面的定量报告，以便用户可以方便地检查定量结果。总之，MaXIC-Q Web是一种基于ICAT和SILAC标记技术的用户友好，交互式，健壮的通用Web服务，用于定量分析。

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