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GabiPD: the GABI primary database—a plant integrative ‘omics’ database

机译：GabiPD：GABI主数据库-一种工厂集成的组学数据库

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The GABI Primary Database, GabiPD (), was established in the frame of the German initiative for Genome Analysis of the Plant Biological System (GABI). The goal of GabiPD is to collect, integrate, analyze and visualize primary information from GABI projects. GabiPD constitutes a repository and analysis platform for a wide array of heterogeneous data from high-throughput experiments in several plant species. Data from different ‘omics’ fronts are incorporated (i.e. genomics, transcriptomics, proteomics and metabolomics), originating from 14 different model or crop species. We have developed the concept of GreenCards for text-based retrieval of all data types in GabiPD (e.g. clones, genes, mutant lines). All data types point to a central Gene GreenCard, where gene information is integrated from genome projects or NCBI UniGene sets. The centralized Gene GreenCard allows visualizing ESTs aligned to annotated transcripts as well as displaying identified protein domains and gene structure. Moreover, GabiPD makes available interactive genetic maps from potato and barley, and protein 2DE gels from Arabidopsis thaliana and Brassica napus. Gene expression and metabolic-profiling data can be visualized through MapManWeb. By the integration of complex data in a framework of existing knowledge, GabiPD provides new insights and allows for new interpretations of the data.
机译：GABI主要数据库GabiPD（）是在德国植物生物学系统基因组分析计划的框架下建立的。 GabiPD的目标是收集，整合，分析和可视化来自GABI项目的主要信息。 GabiPD为来自多种植物物种的高通量实验的大量异构数据构成了一个存储库和分析平台。来自不同“组学”领域的数据（即基因组学，转录组学，蛋白质组学和代谢组学）被合并，这些数据来自14种不同的模型或农作物物种。我们已经开发了GreenCards的概念，可用于基于文本的GabiPD中所有数据类型的检索（例如克隆，基因，突变株）。所有数据类型都指向中央Gene GreenCard，其中基因信息是从基因组计划或NCBI UniGene集整合而来的。集中式的Gene GreenCard可以可视化与带注释的笔录对齐的EST，并显示已识别的蛋白质结构域和基因结构。此外，GabiPD还提供了来自马铃薯和大麦的交互式遗传图谱，以及来自拟南芥和甘蓝型油菜的蛋白质2DE凝胶。基因表达和代谢谱数据可以通过MapManWeb可视化。通过将复杂数据集成到现有知识的框架中，GabiPD提供了新的见解并允许对数据进行新的解释。

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