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Tips and tricks for the assembly of a Corynebacterium pseudotuberculosis genome using a semiconductor sequencer

机译：使用半导体测序仪组装假结核棒杆菌基因组的提示和技巧

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摘要

New sequencing platforms have enabled rapid decoding of complete prokaryotic genomes at relatively low cost. The Ion Torrent platform is an example of these technologies, characterized by lower coverage, generating challenges for the genome assembly. One particular problem is the lack of genomes that enable reference-based assembly, such as the one used in the present study, Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi, which causes high economic losses in the US equine industry. The quality treatment strategy incorporated into the assembly pipeline enabled a 16-fold greater use of the sequencing data obtained compared with traditional quality filter approaches. Data preprocessing prior to the de novo assembly enabled the use of known methodologies in the next-generation sequencing data assembly. Moreover, manual curation was proved to be essential for ensuring a quality assembly, which was validated by comparative genomics with other species of the genus Corynebacterium. The present study presents a modus operandi that enables a greater and better use of data obtained from semiconductor sequencing for obtaining the complete genome from a prokaryotic microorganism, C. pseudotuberculosis, which is not a traditional biological model such as Escherichia coli.
机译：新的测序平台使得能够以相对较低的成本对完整的原核基因组进行快速解码。离子洪流平台就是这些技术的一个例子，其特点是覆盖率较低，给基因组组装带来了挑战。一个特殊的问题是缺乏能够进行基于参考的组装的基因组，例如本研究中使用的一种，即假结核杆菌生物变种，这在美国马业中造成了巨大的经济损失。与传统的质量过滤器方法相比，组装流水线中包含的质量处理策略使获得的测序数据的使用率提高了16倍。在从头组装之前进行数据预处理可以在下一代测序数据组装中使用已知的方法。此外，事实证明，手动管理对于确保组装质量至关重要，这一点已通过与棒状杆菌属其他物种的比较基因组学进行了验证。本研究提出了一种操作方法，可以更好地利用从半导体测序获得的数据来从原核微生物C.pseudotuberculosis获得完整基因组，C.pseudotuberculosis不是一种传统的生物学模型，例如大肠杆菌。

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