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Comparative analysis of the complete chloroplast genomes of seven Populus species: Insights into alternative female parents of Populus tomentosa

机译：七个胡杨属物种完整叶绿体基因组的比较分析：毛白杨替代雌性亲本的见解

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Populus tomentosa, of section Populus, is distributed mainly in northern China. This species has high resistance to many diseases and insects, and it plays key roles in shelterbelts and urban afforestation in northern China. It has long been suspected to be a hybrid, but its parents remain unknown. In the present study, we report four newly sequenced complete cp genomes from section Populus and comparative genomic analyses of these new sequences and three published cp genome sequences. The seven cp genomes ranged from 155,853 bp (P. tremula var. davidiana) to 156,746 bp (P. adenopoda) in length, and their gene orders, gene numbers and GC contents were similar. We analyzed SNPs, indels, SSRs and repeats among the seven cp genomes, and eight small inversions were detected in the ndhC-trnV, rbcL-accD, petA-psbJ, trnW-trnP, rpl16-rps3, trnL-ycf15, ycf15-trnL, and ndhF-trnL intergenic regions. Furthermore, seven divergent regions (trnH-psbA, matK, psbM-psbD, ndhC-trnV, ycf1, ndhF-ccsA and ccsA-ndhD) were found in more highly variable regions. The phylogenetic tree reveals that P. tomentosa is closely related to P. alba and P. alba var. pyramidalis. Hence, P. alba was involved in the formation of P. tomentosa.
机译：毛白杨部分的毛白杨主要分布在中国北方。该物种对多种疾病和昆虫具有很高的抵抗力，在中国北方的防护林带和城市绿化中起着关键作用。长期以来一直怀疑它是杂种，但其父母仍然未知。在本研究中，我们报告了来自胡杨节的四个新测序的完整cp基因组，并对这些新序列和三个已发表的cp基因组序列进行了比较基因组分析。这7个cp基因组的长度从155,853 bp（金银花变种）到156,746 bp（腺足），其基因顺序，基因数目和GC含量相似。我们分析了七个cp基因组中的SNP，插入缺失，SSR和重复序列，并在ndhC-trnV，rbcL-accD，petA-psbJ，trnW-trnP，rpl16-rps3，trnL-ycf15，ycf15-trnL中检测到八个小反转，以及ndhF-trnL基因间区域。此外，还有七个不同的区域（ trnH-psbA ， matK ， psbM-psbD ， ndhC-trnV ， ycf1 ， ndhF-ccsA 和 ccsA-ndhD ）位于变化较大的区域。系统发育树揭示了 P 。 tomentosa 与 P 密切相关。 alba 和 P 。 alba var。 金字塔。因此， P 。 alba 参与了 P 的形成。 tomentosa 。

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