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Automated Tracking of Cell Migration with Rapid Data Analysis

机译：利用快速数据分析自动跟踪细胞迁移

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摘要

Cell migration is essential for many biological processes including development, wound healing and metastasis. However, studying cell migration often requires the time-consuming and labor-intensive task of manually tracking cells. To accelerate the task of obtaining coordinate positions of migrating cells, we have developed a graphical user interface (GUI) capable of automating the tracking of fluorescently labeled nuclei. This GUI provides an intuitive user interface that makes automated tracking accessible to researchers with no image processing experience or familiarity with particle-tracking approaches. Using this GUI, users can interactively determine a minimum of four parameters to identify fluorescently labeled cells and automate acquisition of cell trajectories. Additional features allow for batch processing of numerous time-lapse images, curation of unwanted tracks, and subsequent statistical analysis of tracked cells. Statistical outputs allow users to evaluate migratory phenotypes, including cell speed, distance, displacement and persistence as well as measures of directional movement, such as forward migration index (FMI) and angular displacement.
机译：细胞迁移对于许多生物过程（包括发育，伤口愈合和转移）至关重要。但是，研究细胞迁移通常需要手动跟踪细胞的耗时且劳动密集的任务。为了加快获得迁移细胞坐标位置的任务，我们开发了一种图形用户界面（GUI），能够自动跟踪荧光标记的核。该GUI提供了直观的用户界面，无需图像处理经验或对粒子跟踪方法不熟悉的研究人员就可以进行自动跟踪。使用该GUI，用户可以交互地确定至少四个参数，以识别荧光标记的细胞并自动获取细胞轨迹。附加功能允许对大量延时图像进行批处理，对不需要的轨道进行管理以及对跟踪单元进行后续统计分析。统计输出使用户能够评估迁移表型，包括细胞速度，距离，位移和持久性以及定向运动的度量，例如前向迁移指数（FMI）和角位移。

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