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Method-centered digital communities on protocols.io for fast-paced scientific innovation

机译：以协议为中心的以方法为中心的数字社区以实现快速科学创新

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摘要

The Internet has enabled online social interaction for scientists beyond physical meetings and conferences. Yet despite these innovations in communication, dissemination of methods is often relegated to just academic publishing. Further, these methods remain static, with subsequent advances published elsewhere and unlinked. For communities undergoing fast-paced innovation, researchers need new capabilities to share, obtain feedback, and publish methods at the forefront of scientific development. For example, a renaissance in virology is now underway given the new metagenomic methods to sequence viral DNA directly from an environment. Metagenomics makes it possible to “see” natural viral communities that could not be previously studied through culturing methods. Yet, the knowledge of specialized techniques for the production and analysis of viral metagenomes remains in a subset of labs.  This problem is common to any community using and developing emerging technologies and techniques. We developed new capabilities to create virtual communities in protocols.io, an open access platform, for disseminating protocols and knowledge at the forefront of scientific development. To demonstrate these capabilities, we present a virology community forum called VERVENet. These new features allow virology researchers to share protocols and their annotations and optimizations, connect with the broader virtual community to share knowledge, job postings, conference announcements through a common online forum, and discover the current literature through personalized recommendations to promote discussion of cutting edge research. Virtual communities in protocols.io enhance a researcher’s ability to: discuss and share protocols, connect with fellow community members, and learn about new and innovative research in the field.  The web-based software for developing virtual communities is free to use on protocols.io. Data are available through public APIs at .
机译：互联网使科学家们不仅可以进行物理会议，还可以进行在线社交互动。尽管在通信方面进行了这些创新，但方法的传播通常只限于学术出版。此外，这些方法保持不变，其后的进展在其他地方发表且未链接。对于正在快速进行创新的社区，研究人员需要新的功能来共享，获取反馈并在科学发展的最前沿发布方法。例如，鉴于新的宏基因组学方法可直接从环境中对病毒DNA测序，病毒学正在复兴。元基因组学使人们有可能“看到”以前无法通过培养方法研究的天然病毒群落。然而，用于生产和分析病毒元基因组的专业技术的知识仍在实验室的子集中。对于使用和开发新兴技术的任何社区来说，这个问题都是很普遍的。我们开发了新功能，可以在protocols.io（一个开放访问平台）中创建虚拟社区，用于在科学发展的最前沿传播协议和知识。为了演示这些功能，我们提出了一个名为VERVENet的病毒学社区论坛。这些新功能使病毒学研究人员可以共享协议及其注释和优化，与更广泛的虚拟社区联系，以通过一个常见的在线论坛共享知识，职位发布，会议公告，并通过个性化建议来发现当前文献，以促进对前沿技术的讨论。研究。 protocol.io中的虚拟社区增强了研究人员的能力：讨论和共享协议，与社区其他成员联系以及了解该领域的新研究和创新研究。用于开发虚拟社区的基于Web的软件可在protocol.io上免费使用。可以通过的公共API获取数据。

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