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Validating DNA Polymorphisms Using KASP Assay in Prairie Cordgrass (Spartina pectinata Link) Populations in the U.S.

机译：在美国草原草（Spartina pectinata Link）种群中使用KASP分析验证DNA多态性。

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摘要

Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are one of the most abundant DNA variants found in plant genomes and are highly efficient when comparing genome and transcriptome sequences. SNP marker analysis can be used to analyze genetic diversity, create genetic maps, and utilize marker-assisted selection breeding in many crop species. In order to utilize these technologies, one must first identify and validate putative SNPs. In this study, 121 putative SNPs, developed from a nuclear transcriptome of prairie cordgrass (Spartina pectinata Link), were analyzed using KASP technology in order to validate the SNPs. Fifty-nine SNPs were validated using a core collection of 38 natural populations and a phylogenetic tree was created with one main clade. Samples from the same population tended to cluster in the same location on the tree. Polymorphisms were identified within 52.6% of the populations, split evenly between the tetraploid and octoploid cytotypes. Twelve selected SNP markers were used to assess the fidelity of tetraploid crosses of prairie cordgrass and their resulting F2population. These markers were able to distinguish true crosses and selfs. This study provides insight into the genomic structure of prairie cordgrass, but further analysis must be done on other cytotypes to fully understand the structure of this species. This study validates putative SNPs and confirms the potential usefulness of SNP marker technology in future breeding programs of this species.
机译：单核苷酸多态性（SNP）是植物基因组中发现的最丰富的DNA变异体之一，在比较基因组和转录组序列时非常高效。 SNP标记分析可用于分析遗传多样性，创建遗传图谱并利用许多作物物种中的标记辅助选择育种。为了利用这些技术，必须首先识别和验证推定的SNP。在这项研究中，使用KASP技术分析了由草原草（Spartina pectinata Link）的核转录组开发的121个推定的SNP，以验证SNP。使用38个自然种群的核心集合验证了59个SNP，并用一个主要进化枝创建了系统进化树。来自相同种群的样本倾向于聚集在树上的相同位置。在52.6％的人群中发现了多态性，在四倍体和八倍体细胞型之间平均分配。使用十二种选择的SNP标记评估草原草的四倍体杂交的保真度及其产生的F2种群。这些标记能够区分出真正的十字架和自我。这项研究提供了草原草的基因组结构的见识，但必须对其他细胞类型进行进一步分析才能充分了解该物种的结构。这项研究验证了推定的SNP，并证实了SNP标记技术在该物种未来的育种计划中的潜在用途。

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