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The Ontology of Clinical Research (OCRe): An Informatics Foundation for the Science of Clinical Research

机译：临床研究的本体论（OCRe）：临床研究科学的信息学基础

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摘要

To date, the scientific process for generating, interpreting, and applying knowledge has received less informatics attention than operational processes for conducting clinical studies. The activities of these scientific processes — the science of clinical research — are centered on the study protocol, which is the abstract representation of the scientific design of a clinical study. The Ontology of Clinical Research (OCRe) is an OWL 2 model of the entities and relationships of study design protocols for the purpose of computationally supporting the design and analysis of human studies. OCRe’s modeling is independent of any specific study design or clinical domain. It includes a study design typology and a specialized module called ERGO Annotation for capturing the meaning of eligibility criteria. In this paper, we describe the key informatics use cases of each phase of a study’s scientific lifecycle, present OCRe and the principles behind its modeling, and describe applications of OCRe and associated technologies to a range of clinical research use cases. OCRe captures the central semantics that underlies the scientific processes of clinical research and can serve as an informatics foundation for supporting the entire range of knowledge activities that constitute the science of clinical research.
机译：迄今为止，与进行临床研究的操作过程相比，用于生成，解释和应用知识的科学过程在信息学方面的关注较少。这些科学过程的活动-临床研究的科学-以研究方案为中心，研究方案是临床研究的科学设计的抽象表示。临床研究的本体论（OCRe）是研究设计协议的实体和关系的OWL 2模型，目的是在计算上支持人类研究的设计和分析。 OCRe的建模独立于任何特定的研究设计或临床领域。它包括研究设计类型学和称为ERGO注释的专业模块，用于捕获资格标准的含义。在本文中，我们描述了研究的科学生命周期的每个阶段的关键信息学用例，介绍了OCRe及其建模背后的原理，并描述了OCRe和相关技术在一系列临床研究用例中的应用。 OCRe捕获了作为临床研究科学过程基础的中心语义，并且可以作为信息学基础来支持构成临床研究科学的所有知识活动。

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