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【2h】

Accelerating Virtual High-Throughput Ligand Docking: current technology and case study on a petascale supercomputer

机译：加速虚拟高通量配体对接：petascale超级计算机的当前技术和案例研究

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摘要

In this paper we give the current state of high-throughput virtual screening. We describe a case study of using a task-parallel MPI (Message Passing Interface) version of Autodock4 [], [] to run a virtual high-throughput screen of one-million compounds on the Jaguar Cray XK6 Supercomputer at Oak Ridge National Laboratory. We include a description of scripts developed to increase the efficiency of the predocking file preparation and postdocking analysis. A detailed tutorial, scripts, and source code for this MPI version of Autodock4 are available online at .
机译：在本文中，我们给出了高通量虚拟筛选的当前状态。我们描述了使用Autodock4 []，[]的任务并行MPI（消息传递接口）版本在橡树岭国家实验室的Jaguar Cray XK6超级计算机上运行一百万个化合物的虚拟高通量屏幕的案例研究。我们包括对脚本的描述，这些脚本是为提高对接前文件准备和对接后分析的效率而开发的。有关MPI版Autodock4的详细教程，脚本和源代码，可在线访问。

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