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【2h】

Analysis of microRNAs and their targets from onion (Allium cepa) using genome survey sequences (GSS) and expressed sequence tags (ESTs)

机译：使用基因组调查序列（GSS）和表达的序列标签（EST）分析洋葱（洋葱）的microRNA及其靶标

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MicroRNAs are small non-coding RNAs of 21-24 nucleotides in length that acts as important modulators of gene expression related to numerous biological processes including developmentand defense response in eukaryotes. However, only a limited report on onion (Allium cepa) miRNAs is available and their associated role in growth and development of onion is not yetclear. Therefore, it is of interest to identify miRNAs and their targets in Allium cepa using the genome survey sequences (GSSs) and expressed sequence tags (ESTs) and deduce the functionsof the target genes using gene ontology (GO) terms. We report 14 potential miRNAs belonging to 13 different families (miR162, miR168, miR172c, miR172e, miR398, miR400, miR414, miR1134,miR1223, miR6219, miR7725, miR8570, miR8703 and miR8752). BLAST analysis using psRNATarget server predicted 39 potential targets for the identified miRNAs majority of which were transcriptionfactors implicated in plant growth, development, hormone signaling and stress responses. These data forms the basis for further analysis and verification towards understanding the miRNAmediated regulatory mechanism in Allium cepa.
机译：MicroRNA是长度为21-24个核苷酸的小型非编码RNA，可作为与许多生物学过程（包括发育）相关的基因表达的重要调节剂和真核生物的防御反应。但是，关于洋葱（葱属洋葱）miRNA的报道很少，并且它们在洋葱生长和发育中的相关作用尚不明确。明确。因此，使用基因组调查序列（GSS）和表达的序列标签（EST）鉴定洋葱中的miRNA及其靶标是有意义的，并推断其功能使用基因本体论（GO）术语分析目标基因。我们报告了14个可能的miRNA，它们属于13个不同的家族（miR162，miR168，miR172c，miR172e，miR398，miR400，miR414，miR1134，miR1223，miR6219，miR7725，miR8570，miR8703和miR8752）。使用psRNATarget服务器的BLAST分析预测了39个潜在的目标，这些目标主要是已识别的miRNA，其中大多数是转录与植物生长，发育，激素信号传导和胁迫反应有关的因素。这些数据构成了进一步分析和验证以了解miRNA的基础介导的洋葱洋葱的调控机制。

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