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首页> 美国卫生研究院文献>Ecology and Evolution >Minimum sample sizes for invasion genomics: Empirical investigation in an invasive whitefly
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Minimum sample sizes for invasion genomics: Empirical investigation in an invasive whitefly

机译：入侵基因组学的最小样本量：入侵性粉虱的实证研究

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摘要

Analysis of population genetics provides insights into the evolutionary processes, among which the sample size choice is per se a crucial issue in the analysis. Genome‐wide high‐throughput techniques based on RADseq have been increasingly used in studies on the population genomics of invasive species. However, there is little information available regarding optimal sample sizes for analyzing population genomics of invasive species. In this study, we first use type IIB endonucleases restriction site‐associated DNA (2b‐RAD) to mine thousands of single nucleotide polymorphisms (SNPs) for native and introduced populations in Q1 clade (SPB and 17JN) and Q2 clade (ISQ and UAS0601) of the whitefly, (Gennadius) MED (also known as biotype Q). Then, we used resampling techniques to create simulated populations with a random subset of individuals and 3,000 SNPs to determine how many individuals should be sampled for accurate estimates of intra‐ and interpopulation genetic diversity. We calculated the intrapopulation genetic diversity parameters (unbiased expected heterozygosity, observed heterozygosity, and the number of effect alleles) and pairwise genetic differentiation ; finally, an ad hoc statistic, Δ , was used to determine the optimal value. Our results showed that a sample size greater than four individuals (  ≥ 4) has little impact on estimates of genetic diversity within whitefly populations; moreover, precise estimate of can be easily achieved at a very small simple size (  = 3 or 4). Our results will provide in‐depth understanding of the optimization of sampling schemes in population genomics of invasive species.
机译：种群遗传学分析提供了进化过程的见识，其中样本量的选择本身是分析中的关键问题。基于RADseq的全基因组高通量技术已越来越多地用于入侵物种种群基因组学的研究。然而，关于用于分析入侵物种的种群基因组学的最佳样本量的信息很少。在这项研究中，我们首先使用IIB型核酸内切酶限制性酶切位点相关的DNA（2b‐RAD）为Q1进化枝（SPB和17JN）和Q2进化枝（ISQ和UAS0601）的本地和引入种群挖掘数千个单核苷酸多态性（SNP）。 ）（粉虱（Gennadius）MED（也称为生物型Q）。然后，我们使用重采样技术创建了一个随机的个体子集和3,000个SNP的模拟种群，以确定应抽样多少个体以准确估计种群内和种群间的遗传多样性。我们计算了种群内的遗传多样性参数（无偏的预期杂合性，观察到的杂合性和影响等位基因的数量）和成对遗传分化 ;最后，使用临时统计量Δ确定最佳值。我们的结果表明，样本量大于4个个体（≥4）对粉虱种群内遗传多样性的估计影响很小;此外，对 可以以非常小的简单大小（= 3或4）轻松实现。我们的结果将提供对入侵物种种群基因组学中采样方案优化的深入了解。

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