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The Alliance of Genome Resources: Building a Modern Data Ecosystem for Model Organism Databases

机译：基因组资源联盟：为模型生物数据库建立现代数据生态系统

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摘要

Model organisms are essential experimental platforms for discovering gene functions, defining protein and genetic networks, uncovering functional consequences of human genome variation, and for modeling human disease. For decades, researchers who use model organisms have relied on Model Organism Databases (MODs) and the Gene Ontology Consortium (GOC) for expertly curated annotations, and for access to integrated genomic and biological information obtained from the scientific literature and public data archives. Through the development and enforcement of data and semantic standards, these genome resources provide rapid access to the collected knowledge of model organisms in human readable and computation-ready formats that would otherwise require countless hours for individual researchers to assemble on their own. Since their inception, the MODs for the predominant biomedical model organisms [ . (laboratory mouse), , , , , and ] along with the GOC have operated as a network of independent, highly collaborative genome resources. In 2016, these six MODs and the GOC joined forces as the Alliance of Genome Resources (the Alliance). By implementing shared programmatic access methods and data-specific web pages with a unified “look and feel,” the Alliance is tackling barriers that have limited the ability of researchers to easily compare common data types and annotations across model organisms. To adapt to the rapidly changing landscape for evaluating and funding core data resources, the Alliance is building a modern, extensible, and operationally efficient “knowledge commons” for model organisms using shared, modular infrastructure.
机译：模型生物是发现基因功能，定义蛋白质和遗传网络，揭示人类基因组变异的功能后果以及为人类疾病建模的重要实验平台。几十年来，使用模式生物的研究人员一直依靠模式生物数据库（MODs）和基因本体联盟（GOC）来进行专业策划的注释，并访问从科学文献和公共数据档案中获得的综合基因组和生物学信息。通过数据和语义标准的开发和实施，这些基因组资源可以以人类可读和可计算的格式快速访问所收集的模型生物知识，否则，单个研究人员需要数小时才能自行组装。自成立以来，主要生物医学模型生物的MODs [。 （实验室老鼠），，，，和]与GOC一起运作，是一个独立的，高度协作的基因组资源网络。在2016年，这六个MOD与GOC联合组成了基因组资源联盟（The Alliance）。通过以统一的“外观”实施共享的程序访问方法和特定于数据的网页，该联盟正在克服各种障碍，这些障碍限制了研究人员在模型生物之间轻松比较常见数据类型和注释的能力。为了适应瞬息万变的形势，以评估和资助核心数据资源，该联盟正在使用共享的模块化基础架构为模型生物构建现代，可扩展且可操作的高效“知识共享区”。

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