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Comparative Mitochondrial Genome Analysis of Two Ectomycorrhizal Fungi (Rhizopogon) Reveals Dynamic Changes of Intron and Phylogenetic Relationships of the Subphylum Agaricomycotina

机译：比较线粒体基因组分析的两个外生菌根真菌（根瘤菌）揭示了内生动态和内生关系的Aggarcomycotina亲缘关系。

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摘要

In the present study, we assembled and compared two mitogenomes from the genus. The two mitogenomes of and comprised circular DNA molecules, with the sizes of 66,704 bp and 77,109 bp, respectively. Comparative mitogenome analysis indicated that the length and base composition of protein coding genes (PCGs), rRNA genes and tRNA genes varied between the two species. Large fragments aligned between the mitochondrial and nuclear genomes of both (43.41 kb) and (12.83 kb) indicated that genetic transfer between mitochondrial and nuclear genomes has occurred over evolutionary time of species. Intronic regions were found to be the main factors contributing to mitogenome expansion in . Variations in the number and type of introns in the two mitogenomes indicated that frequent intron loss/gain events occurred during the evolution of species. Phylogenetic analyses based on Bayesian inference (BI) and Maximum likelihood (ML) methods using a combined mitochondrial gene set yielded identical and well-supported tree topologies, wherein species showed close relationships with Agaricales species. This is the first study of mitogenomes within the genus , and it provides a basis for understanding the evolution and differentiation of mitogenomes from the ectomycorrhizal fungal genus.
机译：在本研究中，我们组装并比较了该属的两个有丝分裂基因组。环状DNA分子的两个有丝分裂基因组，由环状DNA分子组成，分别具有66,704 bp和77,109 bp的大小。比较有丝分裂基因组分析表明，两种物种之间的蛋白质编码基因（PCGs），rRNA基因和tRNA基因的长度和碱基组成有所不同。线粒体和核基因组（43.41 kb）和（12.83 kb）的线粒体和核基因组之间排列的大片段表明，线粒体和核基因组之间的遗传转移已发生在物种的进化时间内。内含子区域被发现是促成有丝分裂基因组扩大的主要因素。两个有丝分裂基因组中内含子的数量和类型的变化表明，在物种进化过程中经常发生内含子丢失/获得事件。使用组合的线粒体基因集，基于贝叶斯推断（BI）和最大似然（ML）方法的系统发育分析可得出相同且得到良好支持的树形拓扑，其中物种与Agaricales物种显示密切关系。这是该属中有丝分裂基因组的首次研究，它为了解有根外生菌根真菌属的有丝分裂基因组的进化和分化提供了基础。

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