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【2h】

RNA-Puzzles toolkit: a computational resource of RNA 3D structure benchmark datasets structure manipulation and evaluation tools

机译：RNA-Puzzles工具箱：RNA 3D结构基准数据集结构处理和评估工具的计算资源

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摘要

Significant improvements have been made in the efficiency and accuracy of RNA 3D structure prediction methods during the succeeding challenges of RNA-Puzzles, a community-wide effort on the assessment of blind prediction of RNA tertiary structures. The RNA-Puzzles contest has shown, among others, that the development and validation of computational methods for RNA fold prediction strongly depend on the benchmark datasets and the structure comparison algorithms. Yet, there has been no systematic benchmark set or decoy structures available for the 3D structure prediction of RNA, hindering the standardization of comparative tests in the modeling of RNA structure. Furthermore, there has not been a unified set of tools that allows deep and complete RNA structure analysis, and at the same time, that is easy to use. Here, we present RNA-Puzzles toolkit, a computational resource including (i) decoy sets generated by different RNA 3D structure prediction methods (raw, for-evaluation and standardized datasets), (ii) 3D structure normalization, analysis, manipulation, visualization tools (RNA_format, RNA_normalizer, rna-tools) and (iii) 3D structure comparison metric tools (RNAQUA, MCQ4Structures). This resource provides a full list of computational tools as well as a standard RNA 3D structure prediction assessment protocol for the community.
机译：在RNA难题的后续挑战中，RNA 3D结构预测方法的效率和准确性有了显着提高，这是整个社区对RNA三级结构的盲目预测进行评估的一项工作。 RNA-Puzzles竞赛显示，RNA折叠预测的计算方法的开发和验证在很大程度上取决于基准数据集和结构比较算法。然而，尚无用于RNA的3D结构预测的系统基准集或诱饵结构，这妨碍了RNA结构建模中比较测试的标准化。此外，还没有一套统一的工具可以进行深入和完整的RNA结构分析，同时又易于使用。在这里，我们介绍了RNA-Puzzles工具包，该计算资源包括（i）通过不同RNA 3D结构预测方法（原始，用于评估和标准化的数据集）生成的诱饵集，（ii）3D结构归一化，分析，处理，可视化工具（RNA_format，RNA_normalizer，rna-tools）和（iii）3D结构比较度量工具（RNAQUA，MCQ4Structures）。该资源为社区提供了完整的计算工具列表以及标准的RNA 3D结构预测评估协议。

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